用于mzml2isa解析器的pyqt接口。
mzml2isa-qt的Python项目详细描述
#MZML2ISA夸脱 #####用于mzml2isa解析器的pyqt接口。
##概述 这个程序是[mzml2isa](https://github.com/ISA-tools/mzml2isa)解析器的图形用户界面。它提供了一个易于使用的界面,可以将mzML文件转换为ISA选项卡研究它是用python3和pyqt5制成的
##安装
带PIP的 如果系统中存在pip(大多数python安装/发行版都附带了pip),则可以使用pip安装程序及其依赖项: `bash pip3 install mzml2isa-qt `
###没有pip 安装依赖项后,将mzml2isa qt存储库克隆到具有写入权限的文件夹: `bash git clone git://github.com/ISA-tools/mzml2isa-qt `
之后,直接运行gui: `bash python3 run.py `
或者在本地安装它以使用mzmlisa qt命令运行: `bash cd mzml2isa-qt && python3 setup.py install `
##使用 使用mzml2isa qt命令打开GUI要简单地将.mzml文件解析为isa,请选择包含文件的目录。在默认设置下,程序将在该文件夹中创建新的ISA文件,假设该文件夹的名称是研究标识符(例如,代谢研究的MTBSLxxx)这可以通过取消选中导出结果到每个研究目录框来改变设置参数后,单击Convert按钮启动解析器
##代谢 生成一个要上传到新陈代谢的研究需要一些信息,解析器不能仅从mzml文件猜测这些信息。若要为最终的isa选项卡文件提供更多元数据,请使用“添加元数据”按钮打开一个新窗口并更新有关研究的详细信息。尽管如此,即使所有必需的字段都已填充,在解析结束后,生成的isa仍需要增强(例如使用[metabolight pre-packated isa creator](http://www.ebi.ac.uk/metabolights/)来添加缺少的字段)。
目前缺少上载新陈代谢所需的信息: *研究因素(取决于样本,必须添加到研究文件和调查文件中) *代谢物分配文件 *研究设计
##待办事项 *将代谢物分配文件字段添加到主窗口,或更改mzml2isa解析器行为,以便成功检测代谢物分配文件并将其添加到研究文件中。
##许可证 gplv3