来自元组学工作台的mwtab文件分析器
mwtab的Python项目详细描述
mwtab包是一个python库，有助于读写 Metabolomics Workbench用于存档的mwTab格式的文件 质谱（MS）和核磁共振（NMR）实验数据。
mwtab包提供将mwTab格式文件转换为 它们的等价JSONized表示，反之亦然。JSON代表javascript 对象表示法，一种开放的标准格式，使用人类可读的文本来传输 由属性-值对组成的数据对象。
mwtab包可以通过多种方式使用：
- As a library for accessing and manipulating data stored in ^{tt2}$ format files.
- As a command-line tool to convert between ^{tt2}$ format and its equivalent ^{tt5}$ representation.
引文
在已发表的作品中使用mwtab包时，请引用以下文章：
- Smelter, Andrey and Hunter NB Moseley. “A Python library for FAIRer access and deposition to the Metabolomics Workbench Data Repository.” Metabolomics 2018, 14(5): 64. doi: 10.1007/s11306-018-1356-6.
链接
- mwtab @ GitHub
- mwtab @ PyPI
- Documentation @ ReadTheDocs
安装
mwtab包在python 2.7和python 3.4+下运行。使用pip进行安装。 从python 3.4开始，默认情况下包含pip。
在Linux、Mac OS X上安装
python3 -m pip install mwtab
在Windows上安装
py -3 -m pip install mwtab
在Linux、Mac OS X上升级
python3 -m pip install mwtab --upgrade
在Windows上升级
py -3 -m pip install mwtab --upgrade
快速启动
>>>importmwtab>>>>>># Here we use ANALYSIS_ID of file to fetch data from URL>>>formwfileinmwtab.read_files("1","2"):...print("STUDY_ID:",mwfile.study_id)...print("ANALYSIS_ID:",mwfile.analysis_id)...print("SOURCE:",mwfile.source)...print("Blocks:",list(mwfile.keys()))>>>
注意
阅读用户指南和ReadTheDocs上的mwtab教程 了解更多信息并查看有关使用mwtab作为 库和作为命令行工具。
文件格式问题
目前有5个文件由于格式问题无法解析 其中：
ST000258_AN000410.txt
- extra tab character on line 360 (‘MS_ALL_DATA:UNITS tt’)
st000365_an000598.txt
- ST:EMAIL line is broken on line 53, 54 (‘ST:EMAIL n@unc.edu’)
- extra tab on line 155 (‘NMR_BINNED_DATA:UNITStppmt’)
st000445_an000696.txt
- extra tab character on line 135 (‘CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY ttThe gradient composition was changed linearly from 50% to 100% solvent B’)
st000901_an001467.txt
- extra tab character on lines 61-78 (‘SP:SAMPLEPREP_SUMMARY tPreparation of SPE on vacuum manifold: 1.tClean 60 mg Oasis HLB (Waters) spe …’)
st000902_an001468.txt
- Header line is broken into two lines on lines 1-2 (‘#METABOLOMICS WORKBENCH hover_20170726_173354 DATATRACK_ID:1171n STUDY_ID:ST000902 ANALYSIS_ID:AN001468’)
许可证
这个包在BSDlicense下分发。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
