使用gdcm从dicom文件中读取、验证、匿名化和提取图像
mudicom的Python项目详细描述
Mudicom
一个轻量级的python包,用于验证、读取和提取dicom文件中的图像。
要求
基础:
- python<;=2.7(应该可以与python 3一起使用,但我还没有测试它)
- 带有python包装器的gdcm(http://mudicom.dcmdb.org/install.html)
验证器:
- DICOM3工具(http://www.dclunie.com/dicom3tools.html)
图像:
- 纽比(http://www.numpy.org/)
- pil(https://github.com/python-pillow/Pillow);或
- matplotlib(http://matplotlib.org/)
快速操作
importmudicommu=mudicom.load("mudicom/tests/dicoms/ex1.dcm")# returns array of data elements as dictsmu.read()# returns dict of errors and warnings for DICOMmu.validate()# basic anonymizationmu.anonymize()# save anonymizationmu.save_as("dicom.dcm")# creates image objectimg=mu.image# before v0.1.0 this was mu.image()# returns numpy arrayimg.numpy# before v0.1.0 this was mu.numpy()# using Pillow, saves DICOM imageimg.save_as_pil("ex1.jpg")# using matplotlib, saves DICOM imageimg.save_as_plt("ex1_2.jpg")
文件
路线图
- 从一个DICOM文件中提取多个图像
- 检测损坏的DICOM文件
- 能够匿名化DICOM文件
- 能够设置数据元素
更改日志
V0.1.12015年7月5日
- 支持作为三维像素阵列的动画
V0.1.0,2015年11月1日
- 重新组织包模块
- 添加了“版本”变量
- 添加并更新单元测试
- modicom.load()现在接受kwargs
- dicom()有一个新方法:validate()
- dicom()有新属性:错误、警告、图像
- mudicom.base.dicom.image现在是一个属性,它会断开向后兼容
- mudicom.image.image.numpy现在是一个属性,它断开向后兼容
- 添加了mudicom.exceptions模块和invaliddicom exception
2014年10月19日,第0.0.9版
- 添加了基本配置文件DICOM匿名化
- 增加了将更改保存到DICOM文件的功能,“另存为”
2014年10月17日,第0.0.8版
- 修复了单元测试的另一个python 3问题
- 增加了基本使用指南
- 向主类添加str和repr属性
- 在http://mudicom.dcmdb.org/
上增加文档
2014年10月16日,第0.0.7版
- 修复了使用gdcm图像编码的python 3问题
2014年8月9日,第0.0.6版
- 为清晰起见,更新了自述文件
- 创建Bried路线图
2014年8月14日v0.0.5
- 更新了manifest.in以包含.rst,我是个笨蛋
2014年8月14日v0.0.4
- 已从setup.py中删除license.rst
2014年8月14日v0.0.3
- 由于某些原因,PIP无法读取license.rst
2014年8月14日v0.0.3
- 鸡蛋有奇怪的许可问题
2014年8月14日
- 更新了包装说明
2014年4月4日
- 初次发布。