MToolBox的变量注释器。
mtoolnote的Python项目详细描述
mtoolnote
MToolBox的变量注释器。在
- 免费软件：麻省理工学院许可证
- GitHub回购：https://github.com/mitoNGS/mtoolnote
特点
mtoolnote可以从以下方面注释线粒体变体：
用法
安装后，mtoolnote提供了一个CLI命令和一个Python函数来注释人类和非人类的VCF文件。在
人类线粒体变体注释
使用CLI：
$ mtoolnote INPUT_VCF OUTPUT_VCF
其中INPUT_VCF和OUTPUT_VCF表示文件路径。除了VCF输出之外，使用--csv标志选项创建一个带注释的CSV文件。在
使用Python模块：
^{pr2}$除了VCF输出之外，使用csv=True选项创建带注释的CSV文件。在
非人类线粒体变体注释
使用CLI：
$ mtoolnote INPUT_VCF OUTPUT_VCF SPECIES
其中SPECIES表示样本物种，oaries，ptroglodytes，scerevisiae之一， ecaballus，fcatus，cfamiliaris，pabelii，ggallus，mmulatta， rnorvegicus，btaurus，oanatinus，sscrofa，nleucogenys，chircus， ^{tt21}，{tt21}，{tt22}，{tt22}。除了VCF输出之外，使用--csv标志选项创建一个带注释的CSV文件。在
使用Python模块：
import mtoolnote
mtoolnote.annotate("input.vcf", "output_vcf", "species")
{$vc4}附加一个带注释的CSV}选项。在
安装
克隆此存储库后，cd，并使用以下方法安装mtoolnote：
$ python setup.py install # in case this does not work: $ pip install -r requirements.txt $ pip install .
或在开发模式下：
$ pip install -r requirements_dev.txt $ pip install -e .
测试
安装后，使用以下各项运行所有测试：
$ pytest
或完整的套件（使用python3.6、python3.7、flake8进行测试）和：
$ tox
学分
此包是用Cookiecutter和cc-pypackage项目模板创建的。在
历史
0.1.0（2019-08-27）
- 第一个开发版本。在
0.1.1（2019-09-02）
- 添加从带注释的vcf文件创建csv的选项。在
0.1.2（2019-09-17）
- 确定需求
- 重新定位本地数据库以进行人工注释。在
0.1.3（2019-09-25）
- 为非人工注释添加多线程处理（修复1）。在
0.1.4（2019-11-30）
- 将单倍型特异等位基因频率添加到最终注释中（fix#4）
- 将外部预测器添加到最终注释（修复5）。在
0.1.5（2020-02-09）
- 将基因座名称添加到基本信息中，即使是未注释的人类变体（fix#14）
- 更新需求（修复17）
- 重组代码。在
0.1.6（2020-03-04）
- 使用轨迹表提供基本轨迹注释（fix#22）。在
0.1.7（2020-04-04）
- 使用FuncLocals表添加功能轨迹注释（fix#24）。在
0.2.0（2020-04-08）
- 添加选项以选择要包含在人工数据中的特定注释（fix#28）。在
- 项目
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