msalign:通过参考峰进行信号校准和校准
msalign的Python项目详细描述
msalign-信号校准和校准
这个包的灵感来自于Matlab的msalign函数 允许多个信号与参考峰值对齐。
安装
pipinstallmsalign
或
pipinstallgit+https://github.com/lukasz-migas/msalign.git
用法
用法相对简单。只需从包中导入函数msalign
,并提供xvals
,zvals
以及peaks
。其他参数可以使用kwargs
传入。
importnumpyasnpfrommsalignimportmsalignfname=r"./example_data/msalign_test_data.csv"data=np.genfromtxt(fname,delimiter=",")xvals=data[1:,0]zvals=data[1:,1:].Tpeaks=[3991.4,4598,7964,9160]kwargs=dict(iterations=5,weights=[60,100,60,100],resolution=100,grid_steps=20,ratio=2.5,shift_range=[-100,100],)zvals_new=msalign(xvals,zvals,peaks,**kwargs)
参考
Monchamp,P.,Andrade Cetto,L.,Zhang,J.Y.,和Henson,R.(2007)质量信号处理方法 光谱分析法。系统内生物信息学:基于工程案例的方法,G.Alterovitz和M.F.Ramoni,eds. Artech出版社)。