mot 0.9.3

莫特能帮我吗？

如果你有多个小的独立优化问题，mot可以帮助你。 例如，如果有很多（>；10.000）个小优化问题，每个问题的参数不超过30个，则mot可能会有帮助。 另一方面，如果你有一个有10000个变量的大优化问题，不幸的是mot帮不了你。

示例用例

mot最初是作为Microstructure Diffusion Toolbox的计算包编写的，用于dmri大脑研究。 在扩散磁共振成像（dmri）中，大脑被扫描在一个3d网格中，每个网格元素a{em1}$voxel代表其自身的优化问题。 每个体素的数据点数量通常很小，从30到500个数据点不等，并且适合该数据的模型通常 介于6到20个参数之间。 由于每个体素都可以独立于其他体素进行分析，因此计算可以大规模并行化，从而进行编程。 在opencl中可能允许大速度增益。 这个软件工具箱最初是为这个用例而构建的，但是算法和数据结构是通用的，因此 科学领域可以利用这个工具箱。

对于本例中引用的扩散mri包mdt，请参见https://github.com/cbclab/MDT。

摘要

• 免费软件：lgpl v3许可证
• python中的接口，opencl中的计算
• 实现Powell、Nelder-Mead Simplex和Levenberg-Marquardt非线性优化算法
• 实现各种马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）采样例程
• 标签：优化、采样、并行、opencl、python

链接

• 完整文档：https://mot.readthedocs.org
• 项目主页：https://github.com/cbclab/MOT
• PYPI包：PyPi

快速安装指南

MOT的基本要求是：

• python 3.x
• 在GPU驱动程序或CPU运行时支持OpenCl 1.2（或更高版本）

linux

对于ubuntu>；=16，您可以使用：

• sudo add-apt-repositoryppa:robbert-harms/cbclab
• sudo apt update
• sudo apt install python3-pippython3-mot
• sudo pip3 install tatsu

对于debian用户和ubuntu<；16用户，请使用以下命令安装mot：

• sudo apt install python3 python3-pippython3-pyopenclpython3-devel
• sudo pip3 install mot

mac

• 从https://www.continuum.io/downloads>；
安装python anaconda 3.*64位
• 打开终端并键入pip install mot

windows 对于Windows，简短指南是：

• 从https://www.continuum.io/downloads
安装python anaconda 3.*64位
• 安装或升级GPU驱动程序

• 使用以下方法之一安装pyopencl：

  1. 使用二进制文件，例如http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pyopencl或；

  2. 使用pip install pyopencl编译pyopencl，这需要：

     在Visual Studio 2015（社区版或更高版本）中使用Python和常用的Visual C++选项工具启用了< > >
     • opencl开发工具包（NVidia CUDA或Intel OpenCL SDK或AMD APP SDK）

• 打开一个水蟒壳并键入：pip install mot

有关更多信息和更详细的安装说明，请参见：https://mot.readthedocs.org

注意事项

有一些警告和已知问题，主要与opencl有关：

• 由于安装pyopencl的困难，windows支持是实验性的，希望在windows上安装pyopencl会很快变得更容易。
• 由于缺少GPU或PCI-E传递，GPU加速在大多数虚拟机中是不可能的，每当虚拟机供应商编程此功能时，这种情况都会发生变化。 我们的建议是直接在您的机器上安装linux。