一个python库,用于使用单空间字体漂亮地打印dna和蛋白质序列
monoseq的Python项目详细描述
monoseq是一个python库,用于使用 单格字体。它还提供了一个简单的命令行界面。
DNA和蛋白质的序列以传统的方式打印出来 使用字母块,其中每一行以序列为前缀 位置使用不同的格式突出显示用户指定的区域 风格。输出格式可以是html或带有可选样式的纯文本 在终端中使用ANSI转义代码。
>>> importmonoseq>>> sequence='MIMANQPLWLDSEVEMNHYQQSHIKSKSPYFPEDKHICWIKIFKAFGT'*4>>> printmonoseq.pprint_sequence(sequence,mode='plaintext') 1 MIMANQPLWL DSEVEMNHYQ QSHIKSKSPY FPEDKHICWI KIFKAFGTMI MANQPLWLDS 61 EVEMNHYQQS HIKSKSPYFP EDKHICWIKI FKAFGTMIMA NQPLWLDSEV EMNHYQQSHI 121 KSKSPYFPED KHICWIKIFK AFGTMIMANQ PLWLDSEVEM NHYQQSHIKS KSPYFPEDKH 181 ICWIKIFKAF GT
此屏幕截图显示ANSI转义代码的使用:
这里是用于输出的monoseq的an example html和这个IPython Notebook 演示如何在ipython笔记本中美化打印序列。
使用pip通过pypi安装最新版本:
pip install monoseq
文件
带用户的latest documentation 指南和api引用位于read the docs。
您也可以直接从源代码编译文档,方法是 从doc/子目录运行make html这需要 Sphinx待安装
版权
monoseq在MIT许可下获得许可,请参阅License.rst文件 详情。有关作者列表,请参见AUTHORS.rst文件