化学体系的运行点偶极子计算
moltools的Python项目详细描述
[！[文档状态]（https://readthedocs.org/projects/moltools/badge/?version=docs)](https://readthedocs.org/projects/moltools/？徽章=文档） [！[生成状态]（https://travis-ci.org/fishstamp82/moltools.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/fishstamp82/moltools） [！[覆盖状态]（https://coveralls.io/repos/fishstamp82/moltools/badge.svg?branch=master&service=github)](https://coveralls.io/github/fishstamp82/moltools？分支=主） [！[doi]（https://zenodo.org/badge/19666/fishstamp82/moltools.svg)](https://zenodo.org/badge/latestdoi/19666/fishstamp82/moltools）
#欢迎来到Moltools！
Code purpose: Wrap DALTON LoProp calculation into convinient functions callable by the Molecule instance using IPython or python scripts.
##当前功能：
Features include obtaining LoProp properties for solvent molecules/ligands or for proteins and polymers that are covalently bonded via the MFCC procedure.
By integrating with the particles module, applequist equations are directly solvable for a system of classical molecules using damped charges/dipole-moments directly from QM-obtainable properties.
For localized Beta, this requires the latest development source of DALTON installed.
##安装：
git克隆-递归git@github.com:fishstamp82/moltools.git
导出pythonpath=$（pwd）/moltools/src:$pythonpath
>；提示：在您选择的initrc文件中导出pythonpath变量，以便自动加载它。
如果要使用hpc集群并行运行dalton计算，请执行以下脚本。
对于链接hpc triolith，执行：
src/scripts/dalton_run_on_triolith.sh
对于ume_hpc akka，执行：
src/scripts/dalton_run_on_akka.sh
##快速入门：
运行：
- ipython
- [1]中的：从分子中引入水，簇合物
#####创建一个含有氧的水分子，默认为原子单位。 [2]中的：w1=水（）.获取标准值
#####创建一个额外的水分子（默认情况下是原子单位）
[3]中的：w2=水。获取标准值
＜P＞α→~（2）在z轴上用2.5 Au转化水
[4]中的：w2.按r（[0，0，2.5]）翻译
#####将它们添加到一个集群中
[5]中的c=簇（w1，w2）
#####你总是可以快速地看到一个分子/团簇 [6]中的：c.plot（）
#####将一些属性附加到水上（将注意属性的旋转）
有关所有可用模板，请参见template.py
[8]：c.附加属性（model='tip3p'，method='hf'，basis='anopvdz'）
#####通过.property关键字或通过快速包装器.p（.d代表偶极子，.aα等）输出原子/分子/簇的属性
[9]中的：打印C.P.A 引用[15.021840.0个。11.48016点。13.72182]
#####使用道尔顿从一开始就计算出每个水的性质，并使用loprop一步将这些性质放到每个原子上：
在[10]中：c.props_from_qm（tmpdir='/tmp'，dalpath=$path_to_dalton_脚本）
#####如果道尔顿版本是开发大师分支，则可获得局部超极化率：
在[11]中：来自qm的c.props（method='b3lypqua'，tmpdir='/tmp'，dalpath=$path_to_dalton_script）
##附加功能：
These include uncommenting “#from mayavi import mlab” in src/pdbreader.py and an installation of mayavi2. This enables plotting of the beta tensor around molecules and clusters.
######访问[文档]（http://moltools.readthedocs.org/en/latest）获取api和更多关于源代码的教程。正在进行的工作和大多数东西都过时了。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
](https://travis-ci.org/fishstamp82/moltools){kind=link}
](https://coveralls.io/github/fishstamp82/moltools){kind=link}
](https://zenodo.org/badge/latestdoi/19666/fishstamp82/moltools){kind=link}