微生物代谢相互作用
mminte的Python项目详细描述
安装
使用pip安装 pypi中的 mminte （我们建议在虚拟环境中执行此操作：
pip install mminte
注意 mminte 需要cobrapy 0.5.11。python版本2.7.11+，python 3.5+， 或者建议使用python 3.6+。
虚拟环境安装
以下是在虚拟环境中安装mminte的分步说明。
如果未安装virtualenvwrapper，请按照说明进行操作。 安装virtualenvwrapper。您还应该更新shell启动文件
注意，在Macos el Capitan上，VirtualenvWrapper有一个已知的问题 依赖于六个包。要解决此问题，请使用以下命令：
< Buff行情>$pip install virtualenvwrapper–升级–忽略已安装的六个
使用以下命令为 mminte 创建一个virtualenv：
$ mkvirtualenv mminte
使用 --python选项为 虚拟现实。例如， python=python3 选择当前python3 安装在系统上。
注意在macos上，matplotlib要求将python作为一个框架安装，但是 virtualenv创建了一个python的非框架构建。见 matplotlib常见问题解答 有关解决方法的详细信息。
使用以下命令将pip和setuptools升级到最新版本：
(mminte)$ pip install --upgrade pip setuptools
使用以下命令安装base mminte 包：
(mminte)$ pip install mminte
如果要使用包含的测试验证安装，请安装 测试依赖项并使用以下命令运行测试：
(mminte)$ pip install mminte[test] (mminte)$ pytest mminte -v
使用完 mminte 后，可以切换回安装的系统 使用此命令的python版本：
(mminte)$ deactivate
使用以下命令再次启动 mminte virtualenv:
(mminte)$ workon mminte
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