一个用于commoncase MD运行的简单OpenMM包装器
miniomm的Python项目详细描述
小型
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一个简单的，超级计算机友好的OpenMM包装器，用于普通情况下MD运行，具有最小的依赖性。在
如果对我有用的话就行了。在
基本原理
开发用于在最新的GPU授权机器上运行OpenMM，
包括那些采用ppc64le架构的。这是因为OpenMM可以
目前正在安装（也通过Conda），但有几个相关的软件包
例如mdtraj不能。MiniOMM旨在提供“最小工作量”
在不需要C++或Python编码的情况下运行MD环境。在
安装
原则上，通常的pip install miniomm应该足够了。
但是，您需要额外的软件：
- OpenMM及其Python接口
- （可选）Plumed、openmm Plumed及其Python接口
参见Wiki 安装说明。在
语法
目前，语法只记录在示例文件中。它 是一个简单的“关键字-值”对列表，具有可感知性 默认值，并且在很大程度上与ACEMD兼容。在
特点
支持
- 利用PME静电学和显式溶剂进行NVT（恒容）生产模拟
- NPT（恒压）平衡
- 以AMBER（prmtop）和CHARMM（psf）格式运行预构建系统
- 检查点和重新启动是现成的
- 如果安装了openmm Plumed，则为Plumed
- 在Linux x64和ppc64le上测试，有无NVIDIA GPU
不支持
- 任何类型的约束
考虑到足够的兴趣，将来可能会提供支持
- OpenMM提供的任何功能，例如自定义电位。在
脚本被设计成幂等，也就是说，您可以停止并 反复地重新启动它，它将一直进行到 模拟。这对于有时间限制的批处理系统可能比较方便。在
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