硅网络扩展中的代谢
minedatabase的Python项目详细描述
矿山数据库
此存储库包含生成代码（通过鹤嘴锄）， 矿山数据库的存储与查询。为我提供全面的信息 数据库，请参考JJeffryes et al. 2015 API可以在the API Repository中找到
存储库结构
这个存储库主要由minedatabases python模块组成 它有5个子模块：
- 化合物：包含加载和导出化学结构的函数 从我的数据库。具有命令行界面。在
- databases：包含将模式强加给底层的函数 存储矿山数据的Mongo数据库。在
- 鹤嘴锄：允许将反应规则应用于复合集合 以及由此产生的化合物的注释反应。具有命令行界面。在
- 查询：包含的文本和化学结构查询的逻辑 我的数据库。在
- utils：各种实用程序函数，例如散列和类型转换
复合\u io命令行用法
化学品进出口可单独调用化合物
矿山数据库格式的限制。这些可能有助于分享
预测或维护当前外部数据库以进行交叉引用。
对于导入，调用格式为python compound_io.py import-<format> <input path> <database>，对于导出，python compound_io.py export-<format> <database> <outfile path> <optionally: maximum compounds per file>。
有效格式为：
- smi:SMILES行代码
- mol:MDL分子文件（输出指定目录中的单个文件）
- 结构化数据文件（连接的mol文件）
- tsv：仅用于导出，与ModelSEED兼容的制表符分隔的文件
鹤嘴锄命令行用法
在鹤嘴锄.py可以独立调用以使用或生成预测
没有数据库存储。要列出所有选项，请致电python pickaxe.py -h。
预测iAF1260中化合物一代的所有化学损伤反应
模型一将调用python pickaxe.py -C ./data/ChemicalDamageCoreactants.tsv -r ./data/ChemicalDamageRxnRules.tsv -g 1 -c ./data/iAF1260.tsv
测试
pytest以运行所有测试。确保安装了pytest。
要添加覆盖范围，请运行：
pytest --cov-report term --cov-report xml:tests/cov.xml --cov=minedatabase minedatabase/tests/
确保coverage和pytest cov都已安装。在
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
