低分辨率GCMS代谢组学分析的数据处理和注释
metaMS的Python项目详细描述
目录
- 简介 在
- 安装 在
- 执行： 在
元胞
MetaMS是元组学数据处理和注释的工作流
当前版本
2.0.3
数据输入格式
- 用于GC-MS的ANDI NetCDF（.cdf）
- CoreMS自包含分层数据格式（.hdf5）
- 安捷伦化学站（进行中）
数据输出格式
- 熊猫数据帧（可使用pickle、h5等保存）
- 文本文件（.csv，制表符分隔.txt等）
- Microsoft Excel（xlsx）
- 用于工作流元数据的JSON
- 自包含分层数据格式（.hdf5），包括原始数据和ime系列数据点，用于已处理的数据集，所有相关元数据都存储为json属性
数据结构类型
- 气相色谱-质谱
可用功能
信号处理
- 基线检测、减法、平滑
- 基于m/z的色谱峰反褶积
- 手动和自动噪声阈值计算
- 一阶导数和二阶导数峰值选取方法
- 峰面积计算
校准
- 保留指数线性XXX法
化合物鉴定
- 自动本地（SQLite）或外部（MongoDB或PostgreSQL）数据库检查、生成和搜索
- 全谱相似法分子自动匹配算法
MetaMS安装
- PyPi:
pip3 install metams
- 来源：
要打开chemstation文件，需要安装pythonnet：
- 在
窗口：
pip3 install pythonnet
在 - 在
Mac和Linux：
brew install mono pip3 install pythonnet
在
执行
metaMS dump_json_template MetamsFile.json
metaMS dump_corems_json_template CoremsFile.json
修改元数据文件.json以及CoremsFile.json文件根据数据集和工作流参数 确保包括CoremsFile.json文件内部路径元数据文件.json：“corems_json_path”：“路径到”_CoremsFile.json文件““
metaMS run-gcms-workflow path_to_MetamsFile.json
MiniWDL公司
- 在
更改wdl/图元_输入.json指定数据位置的步骤
在 - 在
更改数据/CoremsFile.json文件指定工作流参数的步骤
在
安装miniWDL:
pip3 install miniwdl
电话：
miniwdl run wdl/metaMS.wdl -i wdl/metams_input.json --verbose --no-cache --copy-input-files
MetaMS Docker容器
包含MetaMS命令行作为入口点的docker映像
如果没有安装docker，最简单的方法是install docker for desktop
- 在
从Docker注册表中拉出：
docker pull corilo/metams:latest
在 - 在
或者从源代码构建映像：
docker build -t metams:latest .
在 - 在
从容器运行工作流：
$（data_dir）=包含gcms数据的目录的完整路径，元数据文件.json以及CoremsFile.json文件在
docker run -v $(data_dir):/metaB/data corilo/metams:latest metaMS run-gcms-workflow /metaB/data/MetamsFile.json
在 - 在
获取参数模板：
docker run -v $(data_dir):/metaB/data corilo/metams:latest metaMS dump_json_template /metaB/data/MetamsFile.json
docker run -v $(data_dir):/metaB/data corilo/metams:latest metaMS dump_corems_json_template /metaB/data/CoremsFile.json
在
免责声明
本材料是作为由 美国政府。无论是美国政府还是美国 美国能源部，巴特尔，他们的任何雇员，或任何 合作开发这些设备的司法管辖区或组织 作出任何明示或暗示的保证，或承担任何法律责任 对准确性、完整性或有用性的责任或责任 披露的任何信息、设备、产品、软件或过程，或 表示其使用不会侵犯私人拥有的权利。在
此处提及的任何特定商业产品、工艺或服务 商品名、商标、制造商或其他不一定 构成或暗示其得到美国的支持、推荐或支持 国家统治门特或其任何机构，或巴特尔纪念研究所。这个 作者在本文中表达的观点和意见不一定说明或 反映美国政府或其任何机构的情况。在
PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY
operated by
BATTELLE
for the
UNITED STATES DEPARTMENT OF ENERGY
under Contract DE-AC05-76RL01830
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
