一套高分辨率ms代谢组学数据分析工具

metabolinks的Python项目详细描述


Metabolinks是一个python包,它提供了一组用于高分辨率的工具 代谢组学数据分析。

元计算工具旨在提供一些工具来简化大多数 元组学工作流。这些工具是用超高 基于代谢组学的分辨率。

现在功能有点少:

  • 峰值列表对齐
  • 数据矩阵过滤、转换和样本相似性度量
  • 复合分类检索

但我们的路线图是明确的,我们预计很快会稳定在测试版。

请继续关注,并查看examples文件夹(示例如下所示 Jupyter笔记本)。

安装

Metabolinks分布在PyPI上,可以在pip打开的情况下安装 python 3.4+安装:

pip install metabolinks

然而,即使Metabolinks是用python编写的,它也需要一些强大的科学 预先安装在“科学/数据科学python”发行版上的包。

强烈推荐这两种产品之一:

正式要求是:

  • Python3.4及更高版本(也在Python2.7上运行)
  • ^{TT5}$,^{TT6}$,^{TT7}$,^{TT8}$和^{TT9}$
  • numpymatplotlibpandas

还建议安装Jupyter平台,因为 示例以jupyter笔记本的形式提供。

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