一套高分辨率ms代谢组学数据分析工具
metabolinks的Python项目详细描述
Metabolinks是一个python包,它提供了一组用于高分辨率的工具 代谢组学数据分析。
元计算工具旨在提供一些工具来简化大多数 元组学工作流。这些工具是用超高 基于代谢组学的分辨率。
现在功能有点少:
- 峰值列表对齐
- 数据矩阵过滤、转换和样本相似性度量
- 复合分类检索
但我们的路线图是明确的,我们预计很快会稳定在测试版。
请继续关注,并查看examples文件夹(示例如下所示 Jupyter笔记本)。
安装
Metabolinks分布在PyPI上,可以在pip打开的情况下安装 python 3.4+安装:
pip install metabolinks
然而,即使Metabolinks是用python编写的,它也需要一些强大的科学 预先安装在“科学/数据科学python”发行版上的包。
强烈推荐这两种产品之一:
- Anaconda(或Miniconda后跟必要的conda install's)
- Enthought Canopy
正式要求是:
- Python3.4及更高版本(也在Python2.7上运行)
- ^{TT5}$,^{TT6}$,^{TT7}$,^{TT8}$和^{TT9}$
- numpy、matplotlib和pandas
还建议安装Jupyter平台,因为 示例以jupyter笔记本的形式提供。