mdt 1.0.0

摘要

• GPU加速处理
• 人类连接体项目（HCP）管道
• 包括charmed、noddi、binghamnoddi、noddida、noddi-dti、activeax、axcaliber、ball&sticks、ball&rackets、kurtosis、tensor、verdict、qmt和relaxometry（t1、t2）模型。
• 包括高斯、偏移高斯和rician似然模型
• 包括Powell、Levenberg Marquardt和Nelder Mead Simplex优化例程
• 包括多个（自适应）MCMC采样算法
• 在参数上支持超优先级
• 支持每个体素和每个体素每个体积的渐变偏差
• 支持体积加权目标函数
• 支持添加自己的模型
• 提供图形、命令行和python界面
• 计算在体素和体积上并行化
• 基于python和opencl的
• 免费开源软件：lgpl v3许可证
• 在Windows、Mac和Linux操作系统上运行
• 运行在Intel、NVIDIA、AMD GPU和CPU上。

链接

• 完整文档：http://mdt_toolbox.readthedocs.io
• 项目主页：https://github.com/cbclab/MDT

HCP管道

MDT预装有人连接体项目（HCP）兼容的MGH和Wuminn 3T研究管道。 要运行，在安装mdt之后，转到下载（预处理）hcp数据（mgh或wumin）的文件夹并执行：

$ mdt-batch-fit . NODDI

它将自动检测正在使用的研究，并使您选择的模型适合所有受试者。

快速安装指南

MDT的基本要求是：

• python 3.x
• 在GPU驱动程序或CPU运行时支持OpenCl 1.2（或更高版本）

linux

对于ubuntu>；=16，您可以使用：

• sudo add-apt-repositoryppa:robbert-harms/cbclab
• sudo apt-get update
• sudo apt-get install python3-mdtpython3-pip
• sudo pip3 install tatsu

对于debian用户和ubuntu<；16用户，请使用以下命令安装mdt：

• sudo apt-get install python3 python3-pippython3-pyopenclpython3-numpypython3-nibabelpython3-pyqt5python3-matplotlibpython3-yamlpython3-argcompletelibpng-devlibfreetype6-devlibxft-dev
• sudo pip3 install mdt

请注意，python3-nibabel可能需要neurodebian才能在您的计算机上可用。另一种方法是改用pip3 install nibabel。

Dockerfile和Singularity配方也可用于预加载Intel OpenCL驱动程序的安装（例如，用于CPU群集上的容器化部署）。 例如，要使用docker安装，请使用docker build -f containers/Dockerfile.intel .。

windows

windows上的安装稍微复杂一些，下面只是一个快速参考指南。 有关完整说明，请查看complete documentation。

• 安装Python3.*
• 使用https://mot.readthedocs.io处的指南安装MOT
• 打开一个水蟒壳并键入：pip install mdt

mac

• 安装Python3.*
• 打开终端并键入：pip install mdt

请注意，由于mac中opencl驱动程序的不稳定特性，mac支持是实验性的，即以gpu作为所选设备运行mdt的用户可能会遇到崩溃。 不过，在cpu中运行mdt似乎是可行的。

有关详细信息和完整的安装说明，请参见https://mdt_toolbox.readthedocs.org