多组分自动编码器集成
maui-tools的Python项目详细描述
毛伊岛
多omics自动编码器集成（maui）是一个用于多omics数据分析的python包。它基于贝叶斯潜在因素模型，并使用人工神经网络进行推理。详情请参阅BioXIV的预印本：https://www.biorxiv.org/content/early/2018/11/12/464743
安装
maui使用python 3.6。最简单的安装方法是从pypi:
pip install -U maui-tools
这将安装所有必要的依赖项，包括keras和tensorflow。将安装默认的tensorflow（cpu）。如果需要TensorFlow GPU，请在安装MAUI之前安装。
可以通过克隆此repo并运行python setup.py install，或者直接从github使用pip来安装开发版本：
pip install -e git+https://github.com/BIMSBbioinfo/maui.git#egg=maui
可选依赖项
生命线提供的生存分析功能1。它可以使用pip install lifelines从pip直接安装。
用法
请参阅the vignette，然后签出the documentation。
引文
Evaluation of colorectal cancer subtypes and cell lines using deep learning. Jonathan Ronen, Sikander Hayat, Altuna Akalin. bioRxiv 464743; doi: https://doi.org/10.1101/464743
贡献
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许可证
maui是在GNU General Public License v3.0或更高版本下发布的。
@Jonathanronen，Bimsbbioinfo，2018年
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