toppgene的基因富集meta分析工具
malachite的Python项目详细描述
孔雀石：toppgene的基因富集元分析（gem）工具
研究人员通常使用toppgene和在线工具等软件对基因表达数据进行富集分析。这个过程不允许同时分析和比较多个基因数据集。孔雀石使研究人员能够对多个基因列表进行富集分析，并将得到的富集统计数据连接起来，从而实现跨多个数据集的元富集分析。
使用方法：
命令行参数说明：
1.输入文件的完整路径：
例如“/desktop/myinput/input.xlsx”
2.输入类型：
选择一个：hgnc、hgnc_同义词、entrez、ensembl、refseq、uniprot
例如“hgnc”
3.类别：
选项：“基因本体论分子生物学过程”：“go：分子功能”，“基因本体论生物过程”：“go：生物过程”，“基因本体论分子生物学成分”：“go：细胞成分”，“humanpheno”：“人类表型”，“mousepheno”：“鼠表型”，“域”：“域”，“路径”：“路径”，“pubmed”：“pubmed”，“交互”：“交互”，“cytoband”：“cytoband”，“tfbs”：“转录因子结合位点”，“基因家族”：“基因家族”，“共表达”：“共表达”，“共表达”：“共表达图谱”，“计算”：“计算”，“microrna”：“microrna”，“药物”：“药物”，“疾病”：“疾病”
例如，[药物]，“疾病”，“基因发育卵磷脂功能”]
4.单个顶基因分析输出路径：
例如“/desktop/results/individualresults/”
5。最终连接结果输出路径：
例如“/desktop/results/concatenatedresults/”
例如，
终端类型…
孔雀石“/desktop/myinput/input.xlsx”“hgnc”[“药物”，“疾病”，“基因生物学分子功能”]“/desktop/results/individualresults/”/desktop/results/concatenatedresults/”
*注意：引号（“/”）可能有点含糊，请确保使用的是直引号，而不是卷曲引号。
*注：输入数据必须为.xlsx
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