织布机工作流引擎(工作机)
loomengine-worker的Python项目详细描述
什么是织布机?
Loom是一个独立于平台的工具,用于创建、执行、跟踪和共享工作流
为什么使用织布机?
易用性
织布机在本地或云中用完了。
可重复分析
loom确保在丢失笔记本、数据分析员找到新工作、服务器进行了主要操作系统版本升级之后,您可以在数月或数年的时间内重复分析。
loom使用docker来重现运行时环境,记录文件散列来验证分析输入,并保存工作的完全可重现记录。
可追踪结果
织布机能记住任何你运行过的东西,并能准确地告诉你每个结果是如何产生的。
平台间的可移植性
完全相同的工作流可以在您的笔记本电脑或公共云服务上运行。
开放架构
loom不仅是开源的,而且可以免费使用,它还使用了一个由内而外的体系结构,将锁定最小化,让您可以轻松地与其他人共享您的工作。
- 将结果写入传统的文件系统或对象存储,并在loom之外浏览它们
- 将工具发布为Docker图像
- 将您的工作流发布为简单的可读文档
- 通过在织布机服务器之间共享工作流程和结果进行协作
- 将loom连接到多个文件存储,而不创建冗余副本
- 有效地重复使用冗余分析步骤的结果
你真的需要对相同的输入运行多少次相同的分析?Loom知道工作流中的哪些步骤已经运行,并将以前的结果与当前运行无缝集成,同时仍保持数据来源和可跟踪性
图形用户界面
虽然您可能希望从命令行自动执行分析,但图形用户界面对于交互式浏览工作流和结果非常有用
安全性和合规性
织布机的设计考虑到临床的一致性。
谁需要织布机?
loom是为生物信息学家运行的工作流程而构建的——多步骤分析,在步骤之间传递大型数据文件。但是关于织布机没有什么是生物信息学特有的
loom是可扩展的,支持单个分析师或大型机构。
目前的状况如何?
织机正在积极开发中。要参与,请联系info@loomengine.org
贡献者
- 内森·哈蒙德
- 廖以撒