生物分子模拟远程作业提交工具。
Longbow的Python项目详细描述
长弓
Longbow是一个自动化的仿真提交和监控工具长弓 旨在重现在用户身上使用软件的外观和感觉 本地计算机,其区别在于 超级计算机
Longbow将自动生成必要的提交文件并处理所有 初始文件传输、监视作业、可配置的传输文件 间隔并执行最终文件传输和清理。
长弓可以用来启动一次性工作,产生类似的工作组合 甚至在许多不同的超级计算机上运行许多不同的作业。
开箱即用,长弓目前支持PBS/扭矩,LSF,SGE, Slurm、SoGE调度程序,并附带常用的应用程序插件 生物分子模拟软件:琥珀,夏姆,格罗马克,拉姆斯,NAMD。 然而长弓是高度可配置的,将正常工作与通用 没有插件的软件,但是插件可以很容易地扩展长弓 完全支持不提供现成的应用程序和调度程序。
使用长弓可以简单到如下示例:
本地:可执行文件-a arg1-b arg2-c arg3
远程:Longbow可执行文件-A arg1-B arg2-C arg3
Longbow也可用于需要支持的应用程序的开发人员 用于自动提交作业长弓是一个方便和 轻量级的python api,可以以多种不同的方式集成。
许可
Longbow是根据BSD 3条款许可证发布的此许可证的副本是 下载和安装Longbow时提供。
引用
如果您在自己的代码或生产模拟中使用longbow 结果可发表,请参考我们的论文:
Gebbie Rayet,J,Shannon,G,Loeffler,H H和Laughton,C A 2016长弓: 一个轻量级的远程作业提交工具开放研究软件杂志, 4:e1,doi:http://dx.doi.org/10.5334/jors.95
安装
版本可以通过pip安装,也可以手动安装到 通过PIP安装:
pip安装长弓
或手动安装(请参阅文档)Longbow可在此处下载:
http://www.hecbiosim.ac.uk/longbow
然后提取并运行setup.py脚本进行安装。
开发人员
欢迎有志为长弓贡献力量的开发商。我们确实问如果 您希望为您首先与我们联系的长弓基本代码作出贡献。
开发人员可以使用以下资源:
代码库:https://github.com/hecbiosim/longbow