模拟随机突变实验的python软件包
library-simulator的Python项目详细描述
库模拟器是一个用于生成随机突变的python包。 提供核苷酸序列和易出错聚合酶的库。
示例
创建库
fromlibrary_simulatorimportLibrarySimulatorlib=LibrarySimulator("example.fasta",mutation_spectrum="published")lib.simulate(num_samples=10,mutation_rate=2)lib.clones
- aa：氨基酸变化（
*：新的终止密码子） - base：基更改（
-和+是插入和删除） - num：氨基酸变化的总数（如果存在 早停或早停）
- indel：是否有索引
- stop：是否有新的停止密码子
- start：是否真正的开始密码子被弄乱了
找出突变类型的频率与突变率的关系
fromlibrary_simulatorimportLibrarySimulator,utillib=LibrarySimulator("example.fasta",mutation_spectrum="published")f_v_r=util.freq_vs_mutation_rate(lib,num_samples=10000)util.plot_freq_vs_mutation_rate(f_v_r)
有关更多功能，请参见example/examples.ipynb。
安装
pipinstalllibrary_simulator
假设
- 每个克隆的突变数量由poisson过程决定。
- 突变位点在克隆内和克隆间是独立的
- 每个可能的突变（a-&g t；t、g->；c等）的概率都是确定的
通过酶，而不是序列。不同酶的图谱
发现于：
library_simulator/mutation_spectra
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