LFPy 2.0.3

lfpy

lfpy是一个python模块，用于计算多室神经元模型的细胞外电位。 它依赖于神经元模拟器（http://www.neuron.yale.edu/neuron" rel="nofollow">http://www.neuron.yale.edu/neuron），并使用 python接口（http://www.frontiersin.org/neuroinformatics/10.3389/neuro.11.001.2009/abstract" rel="nofollow">http://www.frontiersin.org/neuroinformatics/10.3389/neuro.11.001.2009/abstract）提供。

lfpy提供了一组易于使用的python类，用于设置模型、运行模拟和计算模型神经元活动产生的细胞外电位。如果你有一个神经元模型（www.neuron.yale.edu） 它很可能已经可以适应lfpy的工作。

细胞外电位由多室神经元模型中的跨膜电流用线源法计算（Holt&Koch，J Comp Neurosci 1999）。 但也可以使用更简单的点源方法。计算假设神经元被一个无限的均匀且频率高的胞外介质所包围 假设独立导电性和隔室与电极至少有最小距离（可由用户指定）。有关的详细信息 所使用的数值框架下的生物物理学参见本书下一章：

• K.H.Pettersen，H.Linden，A.M.Dale和G.T.Einevoll：《神经活动测量手册》中的细胞外峰和电流源密度，由R.Brette和A.Destexhe编辑，剑桥，出版（预印本PDF，5.7MB http://arken.umb.no/~gautei/forskining/pettersenlindendaleinevoll bookschapter revised.pdf

lfpy（v1.x）的第一次发布主要是为了模拟单个神经元的细胞外电位，我们在神经信息学前沿的一篇题为"lfpy：一种生物物理模拟详细模型神经元产生的细胞外电位的工具"的论文中对此进行了描述。 本文可以在http://dx.doi.org/10.3389%2ffinf.2013.00041" rel="nofollow">http://dx.doi.org/10.3389%2ffinf.2013.00041 上找到。 自版本2（lfpy v2.x）以来，该工具还可以模拟多室神经元重复连接网络中持续活动产生的细胞外电位和电流偶极矩，预测脑电头皮表面电位， meg头皮表面磁场，如espen hagen，solveig naess，torbjoern v ness，gaute t einevoll的biorxiv预印本"神经网络活动的多模态建模：用lfpy2.0计算lfp，ecog，eeg和meg信号"中所述，可在 https://doi.org/10.1101/281717 找到。

引用lfpy:

• lfpy v2.x:hagen e，n_s s s，ness tv和einevoll gt（2018）神经网络活动的多模态建模：用lfpy 2.0计算lfp、ecog、eeg和meg信号。前面。神经信息。12:92。doi:10.3389/fninf.2018.00092。 https://dx.doi.org/10.3389/fninf.2018.00092
• LFPY v1.x:Linden H、Hagen E、Leski S、Norheim ES、Pettersen KH和Einevoll GT（2013年）。lfpy：一种生物物理模拟详细模型神经元产生的细胞外电位的工具。前面。神经信息。7:41。doi:10.3389/fninf.2013.00041。 https://dx.doi.org/10.3389/fninf.2013.00041

LFPY是在数学科学与技术系计算神经科学组（http://www.nmbu.no/imt" rel="nofollow">http://www.nmbu.no/imt）开发的， 挪威生命科学大学="nofollow">http://www.nmbu.no）， 与神经信息学实验室合作（http://www.nencki.gov.pl/en/laboratory-of-neuroinformatics" rel="nofollow">http://www.nencki.gov.pl/en/laboratory of neuroinformatics）， 波兰华沙嫩奇实验生物学研究所（http://www.nencki.gov.pl" rel="nofollow">http://www.nencki.gov.pl）。这项努力得到了 国际神经信息学协调机构（http://incf.org" rel="nofollow">http://incf.org）、挪威研究理事会（http://www.forskiningsradet.no/english" rel="nofollow">http://www.forskiningsradet.no/english）（escience，nevronor）和EU-FP7（brainscales， http://www.brainscales.org ）。

有关lfpy和联机文档的更新信息，请参见lfpy主页（ http://lfpy.readthedocs.io ）。

此科学软件在GNU公共许可证GPLv3下发布。