基因组分析和信息学的工作流汇编程序
kronos-pipeliner的Python项目详细描述
kronos是一个软件工具，用于自动化可复制、可审核和可分发的生物信息学工作流开发。 它通过将文本配置文件编译成可执行的python脚本，在很大程度上避免了工作流开发的显式编码。
文档
请参阅kronos online documentation。
更改日志
2.3.0:
添加了一个机制，通过general部分更新隐式合并的需求。注意：如果只想为该合并任务指定特定要求，则可以关闭隐式合并并使用显式合并。
LI>P>以前，工作流中存在多个相同的隐式合并任务。在新版本中，它们被合并为一个只发生一次的合并任务。在每个任务的run小节中添加了一个名为merge的开关，该开关默认为True。如果设置为False，则该任务的隐式合并机制将关闭，并且在初始化工作流时显示以下警告消息：
UserWarning: Implicit merge is off for task <the_task_name>. You may have to use an explicit merge task.
添加了对间隔文件中标记的支持，i.e.可以为间隔文件的每一行中的每个块添加一个可选标记，该标记将用作与该块对应的任务名称的后缀。应使用制表符作为分隔符将标记添加到每一行，例如：
chunk1 tag1 chunk2 tag2 chunk3 chunk4 tag4
错误修复。
2.2.0:
- 配置文件中的每个任务现在在run小节中都有自己的requirements条目，该条目优先于general小节中列出的要求。这使用户能够对不同的任务具有相同需求的不同版本。
- 间隔文件现在优先于同步，即如果任务有间隔文件，则它将不会与其前置任务同步。
- 增加了对浮点内存请求的支持。
- 使所有合并的文件存储在名为merge的目录中。
- 当使用make_config命令时，用户名和版本会自动添加到配置文件中。
- 添加检查以确保隐式合并节点的输入始终是列表。
- 错误修复。
2.1.0:
- Kronos现在使用多线程而不是多处理。
2.0.4:
- 取消了对同时作业/管道数量的限制。
- 已将--no_prefix添加回run命令的输入选项。
- 小错误修复。
2.0.3:
发布了第一个版本！
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