处理DNA的简单工具

kbkdna的Python项目详细描述


做生物学的时候,有时候你只需要很快知道 DNA序列是,或者它的反向补体是什么。有很多 可以告诉你这些事情的工具,但是它们经常 比这还多,如果问得很快的话,那就太过分了。 相反,这个包提供了一个易于使用的命令行应用程序 这只是为了给简单的问题简单的答案。

https://img.shields.io/pypi/v/kbkdna.svghttps://img.shields.io/pypi/pyversions/kbkdna.svghttps://img.shields.io/travis/kalekundert/kbkdna.svghttps://readthedocs.org/projects/kbkdna/badge/?version=latest

安装

您可以使用pip

$ pip install kbkdna

用法

安装的命令行应用程序称为dna。 您可以使用--help标志获取有关 它能计算的东西:

$ dna --help

您可以使用len命令获取dna序列的长度:

$ dna len CATCTAATTCAACAAGAATT
20

您可以使用rc命令获取dna的反向补体 顺序:

$ dna rc CATCTAATTCAACAAGAATT
AATTCTTGTTGAATTAGATG

可以使用gc命令计算dna的gc含量 顺序:

$ dna gc CATCTAATTCAACAAGAATT
25.0%

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