处理DNA的简单工具
kbkdna的Python项目详细描述
做生物学的时候,有时候你只需要很快知道 DNA序列是,或者它的反向补体是什么。有很多 可以告诉你这些事情的工具,但是它们经常 比这还多,如果问得很快的话,那就太过分了。 相反,这个包提供了一个易于使用的命令行应用程序 这只是为了给简单的问题简单的答案。
安装
您可以使用pip:
$ pip install kbkdna
用法
安装的命令行应用程序称为dna。 您可以使用--help标志获取有关 它能计算的东西:
$ dna --help
您可以使用len命令获取dna序列的长度:
$ dna len CATCTAATTCAACAAGAATT 20
您可以使用rc命令获取dna的反向补体 顺序:
$ dna rc CATCTAATTCAACAAGAATT AATTCTTGTTGAATTAGATG
可以使用gc命令计算dna的gc含量 顺序:
$ dna gc CATCTAATTCAACAAGAATT 25.0%