计算化合物药物适用性参数的药物化学工具。
insilicolynxdqi的Python项目详细描述
——————————————————————————————————————————————————————————————————————insilicolynxdqi
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17th November 2017: First release written by Mark 文洛克。
版权
====================================================================一、二、二、二、三、三、三、三、三、三、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六、六保留。
=====================================================================一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个三条款的许可证包括在一个包含在一个三条款的许可证中的一个包含在一个三条款的许可证中的一个三条款的许可证中的一个三条款的许可证中的这个三条款的许可证中的一个包括在一个一个一个一个一个三条款的许可证中的一个包含在这个三条款的许可证中的一个包括在一个三条款的许可证中的一个包括在一个三条款的许可证中的一个三条款的许可证中的一个包括在一个三条款的三条款的许可证中的一个包含在一个BSD三条款的许可证中的一个包括在一个包含在一个三条款的与此一起分发的license.txt文件软件。=================================================================一种用于计算药物适用性参数的药物化学工具化合物。
version
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The software named insilicolynxdqi has been tested for compatibility on the following 系统：
ubuntu 14.04 LTS系统运行python 2.7.6
ubuntu 14.04 LTS系统运行python 3.4.3
ubuntu 16.04 LTS系统运行python 2.7.12
ubuntu 16.04 LTS系统运行python 3.5.2
windows 7系统运行python 3.6.0
insilicolynxdqi应该与运行在linux平台或win32平台上的python 2.7（.z）和python 3（.y.z）兼容（其中y和z是
分发版）安装在本地computer
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(1) Save the compressed source distribution file on to a local computer.
(2) 从C安装使用PIP压缩源分发文件：
在新终端（Linux）或新命令提示符（win32）中，将工作目录更改为包含压缩源分发文件的目录，然后键入：
>；sudo pip install inslicolynxdqi-x.y.z.tar.gz（linux）
or
，其中x、y和z是发行版的版本号。
注意，要卸载：sudo pip uninstall inslicolynxdqi（Linux）
或
>；pip在python脚本中使用inslicolynxdqi卸载inslicolynxdqi（win32）-generate in-vivo scenarios functionality
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The following code is needed for accessing the generateInSilicolynxDqi的体内场景功能：
来自InSilicolynxDqi.run.generate_-in-vivo_-vivo_-scenarios导入generateInvivoscenarios
generateInvivoscenarios=generateInvivoscenarios（）
generateInvoscenarios.run（args）
可能的参数（即args）对于generateInvivoscenarios.run（）函数，包含：
data file（df）：
required-包含数据集的制表符分隔文件的完整文件名。需要以下数据列标题（注意，"species"文本指的是dog，人或大鼠：
name
mol_wt
cl_in_vivo_浆（种）
cl_in_浆（种）
v_稳态（种）
v_稳态（种）
v_稳态（种）
所需：
ppb_u（物种）
ppb_u（物种）
对于基于口服给药的计算，还需要额外的数据列：
charge_type
pka_a1（取决于charge_type）
pka_a2（取决于charge_type）
pka_b1（取决于charge_type电荷类型）
pka_b2（取决于电荷类型）
caco2_6p5_人
caco2_6p5_人
caco2_6p5_人
solution_7p4
solution_7p4_人
speciesname（sn）：
species:d=dog，h=human，r=rat（默认值=h）。
method（m）：
method：1（po 1c总计），2（无po 1c），3（共po 2c），4（无po 2c），5（共iv 2c），6（无iv 2c）（默认值为1）。
不能等于1）。
errorparameters（ep）：
（ppb））例如，Cl v CaCO 2溶解度ppb。（注：不要添加语音标记。）
mappings file（mf）：
包含输入数据集的列头映射的文件的完整文件路径。
模型。
qsardefaultrmsep（qdr）：
假设qsar模型的rmsep没有rmsep文件中的条目。该值反映了
cl_体内血浆（物种）、v_稳态（物种）、caco2_6p5人类的预测值和观察值之间的rmsep，均以对数基数10表示。溶解度p4和预测值和观测值均以对数为基数，即10%的界限超过ppb（物种）的百分比
自由标度（默认值=1.00）。（注：物种文本指狗、人或鼠。）
与测量数据相关的默认实验标准偏差。对于体内氯离子（物种）、稳态氯离子（物种）、人体碳酸钙离子（CaCO2）和溶解度氯离子（V7p4），该值反映对数基数-10标度，对于ppb（物种），该值反映对数基数-10%在自由标度上的界限（默认值=0.30）。（注意，
物种文本指狗、人或鼠。）
DefaultParameterStandardDeviation（DPSD）：
对于
cl_in_vivo_等离子（物种）、v_稳态（物种）、caco2_6p5_人和溶解度_7p4，该值反映对数基数-10标度；对于ppb_（物种），该值反映对数基数-10%在自由标度上的界限（默认值=0.30）。（注：物种文本指的是狗，人或鼠。）
附加到名称后面的子字符串（后跟一个整数）以指示错误场景行（默认值=）。
bypass（bp）：
bypass python版本和平台检查：yes或no（默认值）。
generateInvivoscenarios.run（args）：
库生成的新数据文件的文件路径-允许在一个python中与其他函数联接脚本。
functionality
=============================================================================================================================================================================================
A revised text 文件。
functionality
=============================================================================================================================================================================================
The following code is needed for accessing the perform in-vivo calculations InSilicolynxDqi的功能：
函数的作用是：
data file（df）：
需要以下数据列
标题（注意，"物种"文本指狗，人或大鼠：
计算自由水平还需要额外的数据列：
ppb_u（物种）
ppb_u（物种）
ppb_u限定符
ppb_u（物种）
对于基于口服给药的计算，还需要额外的数据列：
charge_u type
pka_1（取决于电荷类型）
pka_a2（取决于电荷类型）
pka_b1（取决于电荷类型）
pka_b2（取决于电荷类型）
caco2_6p5人类
caco2_6p5人类限定符
caco2_6p5人类单位
solution_7p4
solution_7p4_限定符
溶解度p4_单位
speciesname（sn）：
species:d=dog，h=human，r=rat（默认值=h）。
method（m）：
method:1（po 1c total），2（po1c free），3（po 2c total），4（po2c free），5（iv 2c total），6（无静脉2C）（默认值=1）。
doseInterval（di）：
剂量间隔（频率），单位：小时（默认值=12.00）。
模拟长度（SL）：
单位=小时（默认值=168.00）。
间隔（C）：
要考虑的间隔：C=中央，P=外围，CP=中央或全部（默认值=C）。（注：与仅涉及一个隔室的方法无关。）
name（n）：
name（of molecule）列标题显示在输入数据集中（默认值=name）。
uppervcentraltovssratio（uvr）：
central隔室中的分布体积与稳态分布体积（需要介于0.00和小于1.00之间的数字）
（默认值=0.50）。
vTerminalToVSSRatiolower（VRL）：
等于1.01（默认值=1.10）。
vTerminalToVSSRatioupper（VRU）：
仅在静脉注射情况下，单位：mg kg-1（默认值=1.00）。
rat=0.25）。
intestinal transit time（itt）：
仅与po方案一起使用的肠道转运时间，单位：小时（默认值=-1.00（使用硬编码值：dog=2.00；human=4.00；rat=1.50）.
saverawdatafiles（gsd）：
save raw data files：是（默认）或否。
bypass（bp）：
绕过python版本和平台检查：是或否（默认）。
performinvivocalculations的输出。run（args）：
data file new:
脚本。
functionality
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Multiple text 文件。
functionality
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The following code is needed for accessing the analyse in-vivo calculations InSilicolynxDqi的功能：
函数的作用是：
data file（df）：
e r文件路径前缀，用于
多个场景，例如，../../folder/data\ux。
speciesname（sn）：
species:d=dog，h=human，r=rat（默认值=h）。
method（m）：
method:1（po 1c total），2（po1c free），3（po 2c total），4（po2c free），5（iv 2c total）。6（iv 2c free）（默认值为0，如果提供完整的文件路径，则用户必须指定一个方法）。
name substring（ns）：
C=中央，P=外围，CP=中央外围或全部（默认值=C）。（注意，与仅涉及一个隔室的方法无关。）
移除异常值（ro）：
如果可用记录的数量允许，要删除的异常值数-仅用于采购订单场景。
interval level distribution（ILD）：
如果可用记录数允许，则要计算的（近似）双面分布间隔级别-可接受范围：70.00%到100.00%
（默认值）=80.00%。
confidence mean level（cml）：
（注意，至少需要四个记录来计算平均值的置信区间；如果自由度大于150
，则计算150自由度的T临界值。）
微笑（s）：
smiles列标题显示在输入数据集中（默认值为smiles）。
bypass（bp）：
bypass python版本和平台检查：是或否（默认值）。
functionality
=============================================================================================================================================================================================
Multiple text 文件。
information
=============================================================================================================================================================================================
Refer to INSTRUCTIONS_FOR_USE.txt file included in the distribution （../insilicolynxdqi/docs/）。
======================================================一封电子邮件：contact@insilicolynx.com
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17th November 2017: First release written by Mark 文洛克。
版权
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=====================================================================一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个一个三条款的许可证包括在一个包含在一个三条款的许可证中的一个包含在一个三条款的许可证中的一个三条款的许可证中的一个三条款的许可证中的这个三条款的许可证中的一个包括在一个一个一个一个一个三条款的许可证中的一个包含在这个三条款的许可证中的一个包括在一个三条款的许可证中的一个包括在一个三条款的许可证中的一个三条款的许可证中的一个包括在一个三条款的三条款的许可证中的一个包含在一个BSD三条款的许可证中的一个包括在一个包含在一个三条款的与此一起分发的license.txt文件软件。=================================================================一种用于计算药物适用性参数的药物化学工具化合物。
version
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The software named insilicolynxdqi has been tested for compatibility on the following 系统：
ubuntu 14.04 LTS系统运行python 2.7.6
ubuntu 14.04 LTS系统运行python 3.4.3
ubuntu 16.04 LTS系统运行python 2.7.12
ubuntu 16.04 LTS系统运行python 3.5.2
windows 7系统运行python 3.6.0
insilicolynxdqi应该与运行在linux平台或win32平台上的python 2.7（.z）和python 3（.y.z）兼容（其中y和z是
分发版）安装在本地computer
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(1) Save the compressed source distribution file on to a local computer.
(2) 从C安装使用PIP压缩源分发文件：
在新终端（Linux）或新命令提示符（win32）中，将工作目录更改为包含压缩源分发文件的目录，然后键入：
>；sudo pip install inslicolynxdqi-x.y.z.tar.gz（linux）
or
，其中x、y和z是发行版的版本号。
注意，要卸载：sudo pip uninstall inslicolynxdqi（Linux）
或
>；pip在python脚本中使用inslicolynxdqi卸载inslicolynxdqi（win32）-generate in-vivo scenarios functionality
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The following code is needed for accessing the generateInSilicolynxDqi的体内场景功能：
来自InSilicolynxDqi.run.generate_-in-vivo_-vivo_-scenarios导入generateInvivoscenarios
generateInvivoscenarios=generateInvivoscenarios（）
generateInvoscenarios.run（args）
可能的参数（即args）对于generateInvivoscenarios.run（）函数，包含：
data file（df）：
required-包含数据集的制表符分隔文件的完整文件名。需要以下数据列标题（注意，"species"文本指的是dog，人或大鼠：
name
mol_wt
cl_in_vivo_浆（种）
cl_in_浆（种）
v_稳态（种）
v_稳态（种）
v_稳态（种）
所需：
ppb_u（物种）
ppb_u（物种）
对于基于口服给药的计算，还需要额外的数据列：
charge_type
pka_a1（取决于charge_type）
pka_a2（取决于charge_type）
pka_b1（取决于charge_type电荷类型）
pka_b2（取决于电荷类型）
caco2_6p5_人
caco2_6p5_人
caco2_6p5_人
solution_7p4
solution_7p4_人
speciesname（sn）：
species:d=dog，h=human，r=rat（默认值=h）。
method（m）：
method：1（po 1c总计），2（无po 1c），3（共po 2c），4（无po 2c），5（共iv 2c），6（无iv 2c）（默认值为1）。
不能等于1）。
errorparameters（ep）：
（ppb））例如，Cl v CaCO 2溶解度ppb。（注：不要添加语音标记。）
mappings file（mf）：
包含输入数据集的列头映射的文件的完整文件路径。
模型。
qsardefaultrmsep（qdr）：
假设qsar模型的rmsep没有rmsep文件中的条目。该值反映了
cl_体内血浆（物种）、v_稳态（物种）、caco2_6p5人类的预测值和观察值之间的rmsep，均以对数基数10表示。溶解度p4和预测值和观测值均以对数为基数，即10%的界限超过ppb（物种）的百分比
自由标度（默认值=1.00）。（注：物种文本指狗、人或鼠。）
与测量数据相关的默认实验标准偏差。对于体内氯离子（物种）、稳态氯离子（物种）、人体碳酸钙离子（CaCO2）和溶解度氯离子（V7p4），该值反映对数基数-10标度，对于ppb（物种），该值反映对数基数-10%在自由标度上的界限（默认值=0.30）。（注意，
物种文本指狗、人或鼠。）
DefaultParameterStandardDeviation（DPSD）：
对于
cl_in_vivo_等离子（物种）、v_稳态（物种）、caco2_6p5_人和溶解度_7p4，该值反映对数基数-10标度；对于ppb_（物种），该值反映对数基数-10%在自由标度上的界限（默认值=0.30）。（注：物种文本指的是狗，人或鼠。）
附加到名称后面的子字符串（后跟一个整数）以指示错误场景行（默认值=）。
bypass（bp）：
bypass python版本和平台检查：yes或no（默认值）。
generateInvivoscenarios.run（args）：
库生成的新数据文件的文件路径-允许在一个python中与其他函数联接脚本。
functionality
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A revised text 文件。
functionality
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The following code is needed for accessing the perform in-vivo calculations InSilicolynxDqi的功能：
函数的作用是：
data file（df）：
需要以下数据列
标题（注意，"物种"文本指狗，人或大鼠：
计算自由水平还需要额外的数据列：
ppb_u（物种）
ppb_u（物种）
ppb_u限定符
ppb_u（物种）
对于基于口服给药的计算，还需要额外的数据列：
charge_u type
pka_1（取决于电荷类型）
pka_a2（取决于电荷类型）
pka_b1（取决于电荷类型）
pka_b2（取决于电荷类型）
caco2_6p5人类
caco2_6p5人类限定符
caco2_6p5人类单位
solution_7p4
solution_7p4_限定符
溶解度p4_单位
speciesname（sn）：
species:d=dog，h=human，r=rat（默认值=h）。
method（m）：
method:1（po 1c total），2（po1c free），3（po 2c total），4（po2c free），5（iv 2c total），6（无静脉2C）（默认值=1）。
doseInterval（di）：
剂量间隔（频率），单位：小时（默认值=12.00）。
模拟长度（SL）：
单位=小时（默认值=168.00）。
间隔（C）：
要考虑的间隔：C=中央，P=外围，CP=中央或全部（默认值=C）。（注：与仅涉及一个隔室的方法无关。）
name（n）：
name（of molecule）列标题显示在输入数据集中（默认值=name）。
uppervcentraltovssratio（uvr）：
central隔室中的分布体积与稳态分布体积（需要介于0.00和小于1.00之间的数字）
（默认值=0.50）。
vTerminalToVSSRatiolower（VRL）：
等于1.01（默认值=1.10）。
vTerminalToVSSRatioupper（VRU）：
仅在静脉注射情况下，单位：mg kg-1（默认值=1.00）。
rat=0.25）。
intestinal transit time（itt）：
仅与po方案一起使用的肠道转运时间，单位：小时（默认值=-1.00（使用硬编码值：dog=2.00；human=4.00；rat=1.50）.
saverawdatafiles（gsd）：
save raw data files：是（默认）或否。
bypass（bp）：
绕过python版本和平台检查：是或否（默认）。
performinvivocalculations的输出。run（args）：
data file new:
脚本。
functionality
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Multiple text 文件。
functionality
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The following code is needed for accessing the analyse in-vivo calculations InSilicolynxDqi的功能：
函数的作用是：
data file（df）：
e r文件路径前缀，用于
多个场景，例如，../../folder/data\ux。
speciesname（sn）：
species:d=dog，h=human，r=rat（默认值=h）。
method（m）：
method:1（po 1c total），2（po1c free），3（po 2c total），4（po2c free），5（iv 2c total）。6（iv 2c free）（默认值为0，如果提供完整的文件路径，则用户必须指定一个方法）。
name substring（ns）：
C=中央，P=外围，CP=中央外围或全部（默认值=C）。（注意，与仅涉及一个隔室的方法无关。）
移除异常值（ro）：
如果可用记录的数量允许，要删除的异常值数-仅用于采购订单场景。
interval level distribution（ILD）：
如果可用记录数允许，则要计算的（近似）双面分布间隔级别-可接受范围：70.00%到100.00%
（默认值）=80.00%。
confidence mean level（cml）：
（注意，至少需要四个记录来计算平均值的置信区间；如果自由度大于150
，则计算150自由度的T临界值。）
微笑（s）：
smiles列标题显示在输入数据集中（默认值为smiles）。
bypass（bp）：
bypass python版本和平台检查：是或否（默认值）。
functionality
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Multiple text 文件。
information
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Refer to INSTRUCTIONS_FOR_USE.txt file included in the distribution （../insilicolynxdqi/docs/）。
======================================================一封电子邮件：contact@insilicolynx.com
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