优化血流动力学反应功能参数。
hrf_opt的Python项目详细描述
优化血流动力学反应功能参数。
寻找最佳血流动力学的免费开源软件包 fmri数据的响应函数（hrf）参数。优化获取 群体接受野（prf）框架内的位置 参数。
拟合过程要求对fmri数据的每个体素进行优化。 PRF参数。这些可以通过使用 pyprf_feature。
安装
要进行安装，请执行以下步骤：
- （可选）创建Conda环境
conda create -n env_hrf_opt python=2.7 source activate env_hrf_opt conda install pip
- 克隆存储库
git clone https://github.com/MSchnei/hrf_opt.git
- 用pip安装hrf_opt
pip install /path/to/cloned/hrf_opt
如何使用
一。运行pyprf_功能获得prf参数的初始猜测
有关详细信息，请参见here 有关如何使用pyprf_功能的信息。简而言之，打开一个终端 运行：
pyprf_feature -config path/to/custom_pRF_config.csv
2.获取每个体素的模型响应以获得最佳拟合prf模型
当pyprf_特性完成后，使用-save_tc和-mdl_rsp再次运行它 旗帜。这将节省安装的prf模型时间过程和相应的 对磁盘的神经反应：
pyprf_feature -config path/to/custom_pRF_config.csv -save_tc -mdl_rsp
三。为hrf_opt
调整csv文件调整hrf_opt中config_default.csv文件中的信息 文件夹，以便提供的信息正确无误。建议 为每个主题制作CSV文件的特定副本。
四。运行hrf_opt
打开终端并运行：
hrf_opt -config path/to/custom_hrf_opt_config.csv
参考文献
此应用程序基于以下工作：
- Dumoulin，S.O.，&Wandell，B.A.（2008年）。群体感受野 人类视觉皮层的估计。神经影像学，39（2），647-660. https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2007.09.034
- Harvey，B.M.，&Dumoulin，S.O.（2011年）。之间的关系 皮层放大因子与群体感受野大小 人类视觉皮层：皮层结构的恒定性。期刊 神经科学，31（38），13604-13612。 https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.2572-11.2011
许可证
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