基于密度的变密度聚类
hdbscan-with-cosine-distance的Python项目详细描述
HDBScan
基于层次密度的应用空间聚类 有噪音。在不同的epsilon值上执行dbscan并集成 找到一个聚类的结果，它比epsilon更稳定。 这使得hdbscan能够找到密度不同的集群（与dbscan不同）。 对参数选择更加稳健。
实际上，这意味着hdbscan直接返回一个好的集群 只需很少或根本没有参数调整，而主要参数， 最小群集大小，直观且易于选择。
HDBScan是探索性数据分析的理想选择；它是一种快速和健壮的 可以信任的算法返回有意义的集群（如果有 有）。
< DL>阅读文档（包括教程）可在http://hdbscan.readthedocs.io/en/latest/" rel="nofollow">http://hdbscan.readthedocs.io/en/latest/上找到。
笔记本电脑将HDBScan与其他群集算法进行比较ks/how%20hdbscan%20works.ipynb" rel="nofollow">hdbscan如何工作和 将性能与其他python集群im进行比较提供实施 。
如何使用HDBScan
hdbscan包继承自sklearn类，因此可以方便地插入 与其他具有相同调用api的sklearn cluster相邻。同样地 支持多种格式的输入：数组（或pandas数据框，或 稀疏矩阵）形状 （num-samples x num-features） ；数组（或稀疏矩阵） 给出样本之间的距离矩阵。
importhdbscanclusterer=hdbscan.HDBSCAN(min_cluster_size=10)cluster_labels=clusterer.fit_predict(data)
性能
为了使hdbscan的实现速度与 可能的。它是一个HREF= ="http://nbVistor.juyter .org/Github/LMcNeN/HDBSnc/Bulb/Muth/BoothBoo/Python %20VS%20Java.IPyb"Re="NoFoLoLy">在爪哇中比参考实现更快的数量级， 并且目前比C和C++中高度优化的单链接实现更快。 0.7版性能可以在本笔记本中看到。 尤其是在低维度上的性能l数据优于sklearn的dbscan ， 并通过支持joblib缓存，使用不同参数重新集群 几乎是免费的。
附加功能
hdbscan包配备了可视化工具来帮助您 了解聚类结果。在拟合数据之后，聚类器 对象具有以下属性：
- 浓缩的群集层次结构
- 健壮的单连杆机群层次结构
- 可达距离最小生成树
所有这些都配备了绘图和转换的方法 给熊猫或网络作进一步分析。看上面的笔记本 hdbscan如何工作 有关示例和进一步的详细信息。
cluster对象还有一个提供集群成员身份的属性 强度，导致可选的软聚类（无需进一步计算 费用）。最后，每个集群还收到一个持久性得分 星系团在距离尺度范围内的稳定性 在数据中。这提供了集群相对强度的度量。
异常值检测
hdbscan集群对象也支持glosh离群点检测算法。 将聚类器拟合到数据后，可以通过 异常值得分属性。结果是一个分数向量，一个用于 每个合适的数据点。分数越高，表示的对象越离群。 通过上分位数选择离群值通常是一种很好的方法。
< DL>坚固的单连杆
hdbscan包还支持 健壮的单连杆 chaudhuri和dasgupta的聚类算法。和HDBScan一样 实现这是算法的高性能版本 优于scipy的标准单链接实现。这个 稳健的单连杆结构可用作 强大的单连杆组合器，同样具有绘图功能 或者导出层次结构，并在给定位置提取平面簇 切割电平和伽马值。
示例用法：
importhdbscanclusterer=hdbscan.RobustSingleLinkage(cut=0.125,k=7)cluster_labels=clusterer.fit_predict(data)hierarchy=clusterer.cluster_hierarchy_alt_labels=hierarchy.get_clusters(0.100,5)hierarchy.plot()< DL>
安装
最简单的安装，如果你有蟒蛇（感谢康达锻造这是可怕的！）
conda install -c conda-forge hdbscan
pypi安装，假设您已经安装了sklearn及其所有要求：
pip install hdbscan
如果pip在提取依赖项时遇到困难，那么我们建议安装 使用anaconda手动创建依赖项，然后从pip中提取hdbscan:
conda install cython conda install scikit-learn pip install hdbscan
对于手动安装，请获取此软件包：
wget https://github.com/lmcinnes/hdbscan/archive/master.zip
unzip master.zip
rm master.zip
cd hdbscan-master
安装要求
sudo pip install -r requirements.txt
或
conda install scikit-learn cython
安装软件包
python setup.py install
许可
hdbscan包是3条bsd许可的。享受。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
