从hca包创建rdf和json-ld
hca-bundle-jsonld的Python项目详细描述
将HCA捆绑包表示为JSON-LD可以方便地转换它们 使用SPARQL对RDF进行查询。此软件与 图形或三元组存储可以提供允许 一个表达性的查询接口。
用法
“bundle_to_rdf”模块提供了一种转换hca的方法 捆绑到RDF TTL文件。
import requests
import bundle_to_rdf
DSS_URL = "https://dss.dev.data.humancellatlas.org/v1"
bundle_uuid = "4be0071d-b36e-4414-a7ee-7b879f60be7c"
r = requests.get("{}/bundles/{}?replica=aws".format(DSS_URL, bundle_uuid))
bundle = r.json()
file_name = bundle_to_rdf.bundle_to_rdf(bundle)
print(file_name)
在当前工作目录中创建一个文件，文件名为 遵循模式：{bundle_uuid}.ttl。
然后可以将此文件加载到您选择的三元组存储中。为了 blazegraph的使用示例，请查看 example-usage.ipynb。
开发
本模块对DSS数据模型的假设应尽可能少 可能的。未来的开发将使用此模块作为服务的一部分 创建可以直接查询的rdf，或者将其加载到 像BlazeGraph或Amazon Neptune这样的图形商店。
待办事项
- 添加单元测试，模块当前依赖于 决策支持系统
- 使用生物用例改进示例笔记本
- 演示使用SPARQL和RDF接口演示表格 表示法
- 集成到微服务中，以便从 飞行
贡献
- 请将您遇到的任何问题添加到我们的github问题跟踪程序中！
- 这个软件是开源的，apache授权的，发送你的更改！
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