用于探索和分析基因组数据的可扩展库。
hail的Python项目详细描述
冰雹
Hail是一个开源的、通用的、基于python的数据分析工具,具有用于处理基因组数据的其他数据类型和方法。
hail是按比例构建的,对多维结构化数据有一流的支持,就像基因组相关研究(gwas)中的基因组数据一样。
冰雹暴露为Python库,使用原语进行分布式查询,并在Scala、^ {A3}和日益增加的C++中实现线性代数。
有关使用hail的更多信息,请参见documentation。
社区
hail已被广泛应用于学术界和工业界,包括作为genome aggregation database和UK Biobank rapid GWAS的分析平台。进一步了解Hail-powered science。
贡献
如果您想讨论或参与方法或基础设施的开发,请:
- 有关编译hail的信息,请参见安装指南的For Software Developers部分
- 在我们的Zulip chatroom中与我们讨论发展
- 访问Development Forum以获得更长形式的讨论
hail使用一种持续的软件开发部署方法,这意味着我们经常添加新的特性。我们通过Discussion Forum向用户更新hail的更改。我们建议您在论坛上创建一个帐户,以便您也可以订阅这些更新。
维修人员
冰雹是由位于Broad Institute of MIT and Harvard和Massachusetts General Hospital的Analytic and Translational Genetics Unit的Neale lab的团队维持的。
联系冰雹小组^{
Citing Hail
If you use Hail for published work, please cite the software. You can get a citation for the version of Hail you installed by executing:
^{pr 1}$Which will look like:
^{pr 2}$Acknowledgements
The Hail team has several sources of funding at the Broad Institute:
- The Stanley Center for Psychiatric Research, which together with Neale Lab has provided an incredibly supportive and stimulating home.
- Principal Investigators Benjamin Neale and Daniel MacArthur, whose scientific leadership has been essential for solving the right problems.
- Jeremy Wertheimer, whose strategic advice and generous philanthropy have been essential for growing the impact of Hail.
We are grateful for generous support from:
- The National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases
- The National Institute of Mental Health
- The National Human Genome Research Institute
- The Chan Zuckerburg Initiative
We would like to thank Zulip寻求支援 提供免费托管的开源,YourKit,LLC慷慨提供 开放源码开发的YourKit Java Profiler免费许可证。