GPU-BSM 2.7.1

公共科学图书馆一号手稿

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0097277

GPU-BSM

GPU-BSM（代表GPU亚硫酸氢盐读取映射）是一个基于GPU的工具，用于映射亚硫酸氢盐处理的读取。它被设计为支持从wgb和rrbs生成的定向和非定向库。 基本上，GPU-BSM采用无偏策略，降低了涉及胞嘧啶到胸腺嘧啶的复杂序列的复杂度。然后，使用soap3 dp短读映射工具将用简化的3字母核苷酸字母表表示的序列对齐。

映射策略

GPU-BSM从原始正向基因组链创建两个序列。第一个序列是通过将胞嘧啶转化为胸腺嘧啶获得的，而第二个序列是通过将鸟嘌呤转化为腺嘌呤获得的。 至于rrbs文库，这些序列是通过分析一个简化的参考基因组生成的，该参考基因组只考虑那些与测序实验兼容的基因组片段。 定向库和非定向库的处理方式不同。

为了映射来自定向库的读取，GPU-BSM使用SOAP3DP执行两个不同的映射。第一个映射是通过在读操作中将细胞素转换为胸腺嘧啶，然后将它们与第一个序列对齐获得的；第二个映射是通过在读操作的反向补体中将鸟嘌呤转换为腺嘌呤，然后将它们与第二个序列对齐获得的。

要映射非定向库中的读取，GPU-BSM执行四种不同的映射。除了为定向库执行的映射外，GPU-BSM还使用SOAP3 DP将胞嘧啶转化为胸腺嘧啶的读操作的逆补体映射到第一序列，将鸟嘌呤转化为腺嘌呤的读操作的逆补体映射到第二序列。

然后，GPU-BSM分析映射读取，检测并删除不明确的读取和那些实际上是误报的读取。我们认为模糊的那些阅读，其中我存在一个最佳匹配至少两个两个/四个对齐根据开发的库或II）存在至少两个最佳点击单次对齐。 GPU-BSM使用4个字母的核苷酸字母表计算映射读取的不匹配数。由于亚硫酸氢钠处理，read中的胸腺嘧啶可以与参考序列中的胞嘧啶对齐。类似地，read的反补体中的鸟嘌呤可以与参考序列中的腺嘌呤对齐。

支持的GPU

GPU-BSM在支持CUDA的GPU卡上工作。它已经在两个Nvidia GPU卡系列上进行了测试：基于Nvidia Fermi架构的GTX 480卡，以及基于Nvidia Kepler架构的K10和K20C卡。

多个GPU

GPU-BSM自动检测计算机中安装的GPU数量，并并行运行定向（非定向）库的两（4）种不同对齐方式。对于配备单个GPU卡的机器，GPU-BSM依次执行不同的对齐。

依赖关系

GPU-BSM在基于Linux的系统上工作，可自定义安装python（release>；=2.7.3），并配备一个支持CUDA的带CC 2.0的GPU卡。此外，GPU-BSM要求安装SOAP3 DP。 目前，soap3 dp也可用于最新版本的cuda 5.5。

安装

安装CUDA

要安装cuda，请参阅http://docs.nvidia.com/cuda/cuda-getting-started-guide-for-linux/上的安装说明。

安装SOAP3 DP

soap3 dp可以在以下地址下载http://www.cs.hku.hk/2bwt-tools/soap3-dp/。

运行以下命令提取不同的程序：

% gunzip soap3-dp-<<release>>.tar.gz

% tar -xvf soap3-dp-<<release>>.tar.gz

GPU-BSM已经用SOAP3 DP REL进行了测试。2.3.172

安装GPU-BSM

要安装GPU-BSM，请运行以下命令

% sudo easy_install GPU-BSM

合成库

同步用于测试gpu-bsm的echy库可以从ftp://fileshare.itb.cnr.it/GPUBSM/下载。

手动

此版本的手册在http://www.itb.cnr.it/documents/11811/167605/Manual.pdf上提供。

更改日志

2014年10月20日：修复了错误