分析.gaf文件以进行进一步的Debias分析。
GOFindBias的Python项目详细描述
#gofindbias：在gaf文件中寻找偏倚的分析工具。
gofindbias是为了向用户提供关于[gaf]文件的一些有见地的统计数据（http://www.gene ontology.org/page/go-annotation-file-formats），以确定基因本体研究的结论是否会因为抽象术语或高吞吐量而偏倚。实验（[1]）（http://journals.plos.org/ploscompbiol/article？id=10.1371/journal.pcbi.1003063）…
香农的公平性。最重要的“N”发布和执行条款。
3.ks测试比较两个不同的[gaf]文件（http://www.geneontology.org/page/go-annotation-file-formats）。
4.两个GAF文件之间的相互术语，它们属于“n”个最常用术语及其各自的频率。
\
大多数gnu/linux发行版都提供了模块，
>
*[matplotlib（https://matplotlibliblib.org/）
*[biopython（http://biopython.org/）
35 35
/>br/>用pip安装安装gofindbias
```
```
pip安装git+git://github.com/pranavkhade/gofindbias
````
\收集你想要分析的GAF文件。有关GAF参考文件，请访问ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/go/goa/
2。您还可以使用从[Debias]程序（https://github.com/rinoahu/Debias）获得的GAF文件作为输出。
3。参数的说明和帮助如下：
```
用法：gofindbias.py[-h]
（-i gaf_file[gaf_file…]-cmpr filename filename）
[-ls 1或o[-ts top]
[-e evidence_code[evidence_code…]
gofindbias是一个分析工具，用于分析.gaf文件。请访问：HTTPS://GITHUB/COM/PRANAVKHADE/GOFANDIAL以获取更多的细节。< BR> > BR/>可选参数：
-H，帮助显示此帮助消息并退出
-I GAFHFrase[GAFHFILE文件…]，输入GAFFixFrase[GAFXFILE……] BR/>输入GAF文件（S）的名称。
CMPR文件名文件名，--比较两个gaf文件的文件名
--topstat top
按从高到低排序的前n个统计数据
[默认值=10]
-e证据代码[证据代码…]，--证据代码[证据代码…]
接受
（http://geneontology.org/page/guide go-evidence-
代码）中列出的标准证据代码。每个标准证据的3个字母代码都可以接受。除此之外，expec还接受
，它将从实验中提取所有
注释。compec将提取所有计算完成的注释
。类似地，
authec和curec也被接受。` gofindbias-i test/2014.gaf-ls 1-ts 10`
此命令将解析2014.gaf文件以进行分析，所有go-term计数将在自然日志刻度上表示，以便更好地对数据进行比较可视化。最后一个参数是GAF文件中计数最高的前“n”个条目的数目。图形的输出将发布在`/graph_output`文件夹中，其名称与go/pubmed id count和ontology级别（f/c/p）对应。名为“shannon”的文件_statistics.txt`将包含有关给定.gaf文件多样性的信息。
2。` gofindbias-cmpr test/2014.gaf test/2015.gaf-ts 50`
此命令将比较两个文件并给出ks（非参数）测试p值。同时，它将创建“比较”.txt，在每个GAF文件中有50个（n）最频繁项之间的常见GO项和PMED。
BR/> 3。` gofindbias-i test/2014.gaf test/2015.gaf test/2016.gaf-e expec`
此命令将解析所有提及的文件，并仅获取[实验证据代码]（http://geneontology.org/page/experimental evidence codes）的统计信息。
如果您使用的是anaconda环境，请确保python从“~anaconda2/lib/python2.7/site packages/lib”中读取库。您还可以简单地将该位置的文件复制到python可以读取（导入）其他python库的适当路径。
2。您可以在/lib/test/folders中找到一些test.gaf文件。
gofindbias是为了向用户提供关于[gaf]文件的一些有见地的统计数据（http://www.gene ontology.org/page/go-annotation-file-formats），以确定基因本体研究的结论是否会因为抽象术语或高吞吐量而偏倚。实验（[1]）（http://journals.plos.org/ploscompbiol/article？id=10.1371/journal.pcbi.1003063）…
香农的公平性。最重要的“N”发布和执行条款。
3.ks测试比较两个不同的[gaf]文件（http://www.geneontology.org/page/go-annotation-file-formats）。
4.两个GAF文件之间的相互术语，它们属于“n”个最常用术语及其各自的频率。
\
大多数gnu/linux发行版都提供了模块，
>
*[matplotlib（https://matplotlibliblib.org/）
*[biopython（http://biopython.org/）
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/>br/>用pip安装安装gofindbias
```
```
pip安装git+git://github.com/pranavkhade/gofindbias
````
\收集你想要分析的GAF文件。有关GAF参考文件，请访问ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/go/goa/
2。您还可以使用从[Debias]程序（https://github.com/rinoahu/Debias）获得的GAF文件作为输出。
3。参数的说明和帮助如下：
```
用法：gofindbias.py[-h]
（-i gaf_file[gaf_file…]-cmpr filename filename）
[-ls 1或o[-ts top]
[-e evidence_code[evidence_code…]
gofindbias是一个分析工具，用于分析.gaf文件。请访问：HTTPS://GITHUB/COM/PRANAVKHADE/GOFANDIAL以获取更多的细节。< BR> > BR/>可选参数：
-H，帮助显示此帮助消息并退出
-I GAFHFrase[GAFHFILE文件…]，输入GAFFixFrase[GAFXFILE……] BR/>输入GAF文件（S）的名称。
CMPR文件名文件名，--比较两个gaf文件的文件名
--topstat top
按从高到低排序的前n个统计数据
[默认值=10]
-e证据代码[证据代码…]，--证据代码[证据代码…]
接受
（http://geneontology.org/page/guide go-evidence-
代码）中列出的标准证据代码。每个标准证据的3个字母代码都可以接受。除此之外，expec还接受
，它将从实验中提取所有
注释。compec将提取所有计算完成的注释
。类似地，
authec和curec也被接受。` gofindbias-i test/2014.gaf-ls 1-ts 10`
此命令将解析2014.gaf文件以进行分析，所有go-term计数将在自然日志刻度上表示，以便更好地对数据进行比较可视化。最后一个参数是GAF文件中计数最高的前“n”个条目的数目。图形的输出将发布在`/graph_output`文件夹中，其名称与go/pubmed id count和ontology级别（f/c/p）对应。名为“shannon”的文件_statistics.txt`将包含有关给定.gaf文件多样性的信息。
2。` gofindbias-cmpr test/2014.gaf test/2015.gaf-ts 50`
此命令将比较两个文件并给出ks（非参数）测试p值。同时，它将创建“比较”.txt，在每个GAF文件中有50个（n）最频繁项之间的常见GO项和PMED。
BR/> 3。` gofindbias-i test/2014.gaf test/2015.gaf test/2016.gaf-e expec`
此命令将解析所有提及的文件，并仅获取[实验证据代码]（http://geneontology.org/page/experimental evidence codes）的统计信息。
如果您使用的是anaconda环境，请确保python从“~anaconda2/lib/python2.7/site packages/lib”中读取库。您还可以简单地将该位置的文件复制到python可以读取（导入）其他python库的适当路径。
2。您可以在/lib/test/folders中找到一些test.gaf文件。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
