一种将基因本体划分为用户定义的涌现概念子图的工具
GOcats的Python项目详细描述
Gocats公司图片：：u static/images/gocats_logo.png
：宽度：50%
：align:center
：target:http://gocats.readthedocs.io/
"gocats"是一个开放的生物医学本体（obo）解析器和分类实用程序，目前专门用于基因
本体（go），可以帮助科学家通过将冗余的、高度特定的注释组织到可定制的、与生物学相关的概念类别中来解释大规模的实验结果。概念子图由用户创建的关键字列表定义。
当前，"gocats"包可用于：
*创建go子图，每个子图代表用户指定的概念。
*将基因注释文件（gaf）中的特定或细粒度go项映射到任意数量的概念
类别。
*在python解释器中探索基因本体图。
https://github.com/moseleybioinformationslab/gocats.git
通过pip安装或克隆git repo并安装
以下依赖项，您就可以开始了！
在Linux上安装
----
应使用此方法自动安装依赖项。强烈建议您使用此
方法安装。代码：：bash
确保安装了git:
……代码：：bash
cd~/
git clone https://github.com/moseleybioinformationslab/gocats.git
……………
`gocats'需要以下python库：
*docopt创建：mod:`gocats'命令行界面。
*jsonpickle_以json可序列化的形式保存python对象并输出到文件。
要手动安装依赖项：
…代码：：bash
pip3 install docopt
pip3 install jsonpickle
install on windows
-------
windows版本尚未提供；很抱歉。
quickstart
~命令行。
…代码：：bash
python3-m gocats创建_子图/path_to _ontology_file ~/gocats/gocats/exampledata/examplegories.csv ~/output--supergraph_namespace=cellular_component--subgraph_namespace=cellular_component--output_termlist
目录：
-gc_content_mapping.json_pickle一个python字典，其类别将go-terms定义为键，并将所有子图内容的列表定义为值。
-gc_id_mapping.json_pickle一个python字典，其指定名称空间的每个go-term都作为键，并列出将根术语分类为值。
…代码：：bash
python3-m gocats将数据集分类为your_gaf.goa输出目录/gc_id_mapping.json_pickle输出目录映射的数据集名称。goa
license
~~~~~
请参阅许可证中的完整许可证。
版权所有（C）2017，Eugene W.Hidder III，Hunter N.B.Moseley
保留所有权利。
在满足以下条件的前提下，允许（受以下免责声明的限制）：
*重新发布源代码的选项必须保留上述版权声明、此条件列表和以下免责声明。
*以二进制形式重新分发必须复制上述版权声明、此条件列表和文档中的以下免责声明
和/或发行时提供的其他材料。
*未经事先书面许可，不得使用版权所有人的姓名或其贡献者的姓名来认可或推广从本软件衍生的产品。
任何一方的专利权均由本
许可证授予。本软件由版权所有者和贡献者提供，不承担任何明示或暗示的保证，包括但不限于对适销性和特定用途适用性的暗示保证。在任何情况下，版权持有人或贡献者均不应对任何直接、间接、附带、特殊、示范性或后果性损害（包括但不限于购买替代品、商品或服务、使用损失、数据或利润）负责；或业务中断）
无论是何种原因造成的，根据任何责任理论，无论是合同中的责任，严格的责任，或因使用本软件而产生的侵权行为（包括疏忽或其他）。即使被告知有可能造成这种损害。
_ git:https://git scm.com/book/en/v2/getting started installing git/
。_ ehinder:https://github.com/ehinder
。_亨特莫斯利：https://github.com/hunter moseley
：宽度：50%
：align:center
：target:http://gocats.readthedocs.io/
"gocats"是一个开放的生物医学本体（obo）解析器和分类实用程序，目前专门用于基因
本体（go），可以帮助科学家通过将冗余的、高度特定的注释组织到可定制的、与生物学相关的概念类别中来解释大规模的实验结果。概念子图由用户创建的关键字列表定义。
当前，"gocats"包可用于：
*创建go子图，每个子图代表用户指定的概念。
*将基因注释文件（gaf）中的特定或细粒度go项映射到任意数量的概念
类别。
*在python解释器中探索基因本体图。
https://github.com/moseleybioinformationslab/gocats.git
通过pip安装或克隆git repo并安装
以下依赖项，您就可以开始了！
在Linux上安装
----
应使用此方法自动安装依赖项。强烈建议您使用此
方法安装。代码：：bash
确保安装了git:
……代码：：bash
cd~/
git clone https://github.com/moseleybioinformationslab/gocats.git
……………
`gocats'需要以下python库：
*docopt创建：mod:`gocats'命令行界面。
*jsonpickle_以json可序列化的形式保存python对象并输出到文件。
要手动安装依赖项：
…代码：：bash
pip3 install docopt
pip3 install jsonpickle
install on windows
-------
windows版本尚未提供；很抱歉。
quickstart
~命令行。
…代码：：bash
python3-m gocats创建_子图/path_to _ontology_file ~/gocats/gocats/exampledata/examplegories.csv ~/output--supergraph_namespace=cellular_component--subgraph_namespace=cellular_component--output_termlist
目录：
-gc_content_mapping.json_pickle一个python字典，其类别将go-terms定义为键，并将所有子图内容的列表定义为值。
-gc_id_mapping.json_pickle一个python字典，其指定名称空间的每个go-term都作为键，并列出将根术语分类为值。
…代码：：bash
python3-m gocats将数据集分类为your_gaf.goa输出目录/gc_id_mapping.json_pickle输出目录映射的数据集名称。goa
license
~~~~~
请参阅许可证中的完整许可证。
版权所有（C）2017，Eugene W.Hidder III，Hunter N.B.Moseley
保留所有权利。
在满足以下条件的前提下，允许（受以下免责声明的限制）：
*重新发布源代码的选项必须保留上述版权声明、此条件列表和以下免责声明。
*以二进制形式重新分发必须复制上述版权声明、此条件列表和文档中的以下免责声明
和/或发行时提供的其他材料。
*未经事先书面许可，不得使用版权所有人的姓名或其贡献者的姓名来认可或推广从本软件衍生的产品。
任何一方的专利权均由本
许可证授予。本软件由版权所有者和贡献者提供，不承担任何明示或暗示的保证，包括但不限于对适销性和特定用途适用性的暗示保证。在任何情况下，版权持有人或贡献者均不应对任何直接、间接、附带、特殊、示范性或后果性损害（包括但不限于购买替代品、商品或服务、使用损失、数据或利润）负责；或业务中断）
无论是何种原因造成的，根据任何责任理论，无论是合同中的责任，严格的责任，或因使用本软件而产生的侵权行为（包括疏忽或其他）。即使被告知有可能造成这种损害。
_ git:https://git scm.com/book/en/v2/getting started installing git/
。_ ehinder:https://github.com/ehinder
。_亨特莫斯利：https://github.com/hunter moseley
欢迎加入QQ群-->： 979659372
