序列爆炸、特征检测和可视化
giraffe的Python项目详细描述
###序列特征检测和映射这个存储库由两个工具组成：长颈鹿和河马。长颈鹿包括一组可视化序列和序列特征的javascripts，以及一个从序列中检测特征、限制站点和orf的django应用程序。您可以独立于django程序使用javascripts。hippo是管理ncbi blast数据库的django
前端。用户可以创建序列，将它们分配给数据库，并使用django管理命令来构建ncbi blast数据库。例如，长颈鹿使用NCBI BLAST数据库来检测序列中的特征。
您可以使用hippo构建blast数据库，然后使用giraffe根据数据库构建blast查询序列。hippo提供了一个django管理用户界面来管理blast数据库，而giraffe则负责调用blast、解析blast结果和可视化检测到的功能。
本软件最初由misha wolfson和benjie chen编写，由addgene版权所有，并在mit许可下发布。见许可证文件。
现在由陈本杰负责维护。
长颈鹿-可视化
>您可以独立于django服务使用长颈鹿Java脚本，来
可视化您已经有一个功能列表的序列。
<见src/gi长颈鹿/templates/giraffefef/{analyze，draw}.html。
传入序列功能检测
要求：
*系统要求：请参见provision/provision.sh（您可以使用它来
提供一个流浪实例，例如）
*python要求：pip install-r requirements.txt
（当前支持django 1.5或更高版本）
*ncbi:安装ncbi blast工具包（这需要一段时间）：cd ncbi；。安装
install django服务并构建默认数据库：
````
git clone git@github.com:benjiec/giraffe.git
cd giraffe
（cd src；python manage.py migrate）
（cd src；python manage.py build-blastdb）
````
运行测试服务器：
```
cd src；python manage.py runserver 0.0.0:8000
```
，然后转到http://0.0.0:8000/giraffe/demo/
sequence=your_dna_sequence_or_genbank_sequence_here
````
这将返回一个json数组[sequence_len，array of features，sequence]。
例如，
````
从hippo.models导入feature，feature_type，feature_database
db=feature_database（name='my_db'）
db.save（）
ft=feature_type.objects.get（type='promotor'）
feature=feature（type=ft，name='promoter1'，sequence='agctattttcggtcggattacgatcgatcg'）
feature.save（）
db.features.add（feature）
db.build（）
````
例如，
````
````
从河马模型导入特征库
从长颈鹿模型导入特征库
feature导入blast
db=feature数据库.对象.get（name='my'u db'）
query=''…''\db=feature==blast（query，db）
```
`>
` `>
`>
`从河马模型导入特征库
/>
/>/>使用django管理员导入特征库
`` build``方法。
前端。用户可以创建序列，将它们分配给数据库，并使用django管理命令来构建ncbi blast数据库。例如，长颈鹿使用NCBI BLAST数据库来检测序列中的特征。
您可以使用hippo构建blast数据库，然后使用giraffe根据数据库构建blast查询序列。hippo提供了一个django管理用户界面来管理blast数据库，而giraffe则负责调用blast、解析blast结果和可视化检测到的功能。
本软件最初由misha wolfson和benjie chen编写，由addgene版权所有，并在mit许可下发布。见许可证文件。
现在由陈本杰负责维护。
长颈鹿-可视化
>您可以独立于django服务使用长颈鹿Java脚本，来
可视化您已经有一个功能列表的序列。
<见src/gi长颈鹿/templates/giraffefef/{analyze，draw}.html。
传入序列功能检测
要求：
*系统要求：请参见provision/provision.sh（您可以使用它来
提供一个流浪实例，例如）
*python要求：pip install-r requirements.txt
（当前支持django 1.5或更高版本）
*ncbi:安装ncbi blast工具包（这需要一段时间）：cd ncbi；。安装
install django服务并构建默认数据库：
````
git clone git@github.com:benjiec/giraffe.git
cd giraffe
（cd src；python manage.py migrate）
（cd src；python manage.py build-blastdb）
````
运行测试服务器：
```
cd src；python manage.py runserver 0.0.0:8000
```
，然后转到http://0.0.0:8000/giraffe/demo/
sequence=your_dna_sequence_or_genbank_sequence_here
````
这将返回一个json数组[sequence_len，array of features，sequence]。
例如，
````
从hippo.models导入feature，feature_type，feature_database
db=feature_database（name='my_db'）
db.save（）
ft=feature_type.objects.get（type='promotor'）
feature=feature（type=ft，name='promoter1'，sequence='agctattttcggtcggattacgatcgatcg'）
feature.save（）
db.features.add（feature）
db.build（）
````
例如，
````
````
从河马模型导入特征库
从长颈鹿模型导入特征库
feature导入blast
db=feature数据库.对象.get（name='my'u db'）
query=''…''\db=feature==blast（query，db）
```
`>
` `>
`>
`从河马模型导入特征库
/>
/>/>使用django管理员导入特征库
`` build``方法。
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