GEOparse 1.2.0

功能

• 将地理系列、数据集等作为软文件下载
• 下载地理系列的补充文件以在本地使用它们
• 将Geo Soft加载为易于使用和操作的对象
• 为地理上传准备数据

安装

在命令行：

$ pip install GEOparse

待办事项

仍有工作要做，任何贡献都是受欢迎的。您报告的任何错误 会改善图书馆。

主要问题是：

• 添加检查与软文件的兼容性
• 使用用于微分表达式分析的有用函数展开geotypes对象
• 分享您的想法
• 添加更多测试-这总是个好主意：）

历史记录

1.2.0（2019-08-21）

• Remove BioPython dependency - use requests instead
• Replace wget with custom file downloader
• Allow to parse GSE file partially
• Support for parallel-fastq-dump
• Allow to use proxy server (FTP)
• Fix Travis-CI issues with FTP download
• Various bugfixes

1.1.0（2018-09-10）

• Allow parallel download of supplementary files
• Add timeout to urlopen callsq
• Bugfix: Keep logger as a module name and rename logger object to geoparse_logger. This is a breaking change.
• Bugfix: Some samples do not have table data error in python 3
• Bugfix: broken download when supplementary_files is empty or contains invalid URLs
• Some small bugfixes

1.0.5（2018-01-12）

• Bugfix: Some samples do not have table data error in python 3

1.0.4（2018-01-08）

• Bugfix: Empty line in the SOFT file caused an error in python 3

1.0.3（2017-11-01）

• Bugfix: Fixed the FTP link

1.0.2（2017-11-01）

• Bugfix: type name was depended on the order of entries

1.0.1（2017-08-10）

• Hotfix: wrong path split in Windows

1.0.0（2017-07-21）

• 许多小错误修复： *添加到列的未知子集类型 *沉默=真的沉默 *重复柱的正确处理 *非法文件名，没有从geo筛选用户输入以创建文件名 *平台未导入但已使用 *修复了Python2和3兼容性问题
• 日志记录取代了stdout和stderr+设置详细信息和日志文件的能力
• 从下载功能返回下载的路径
• 根据google docstring样式指南更新文档
• 测试更新
• 对代码进行重构，使其更适合PEP-8

0.1.10（2017-03-27）

• SRA下载的重要修复程序
• 修复重复列问题
• python 2和3的开放兼容性

0.1.9（2017-03-10）

• 添加属性表型数据以访问GSE的表型数据
• 修复了Windows文件名问题
• 将默认下载功能替换为wgetter
• 更新文档
• 各种错误修复程序

0.1.8（2016-11-02）

感谢第谷比斯梅杰：

• python 3兼容性
• bio.entrez依赖项可选

0.1.7（2016-05-30）

感谢Simon van Heeringen：

• 在具有多个关联关系的数据集中修复错误
• –将文件拆分到fastq dump，默认情况下支持成对的结束实验
• 分析还包含序列和示例信息的GPL
• gsm2fastq命令使下载更容易
• 初始Aspera下载支持

0.1.6（2016-04-12）

• 错误修复
• GSE的SRA功能现在可以过滤GSM

0.1.5（2016-02-03）

• 添加了从SRA下载补充文件（包括原始文件）的功能

0.1.4（2015-09-27）

• 更新的文档，包括示例
• 更新的测试：它们现在覆盖了库中80%的重要功能
• 将pivot_和_annotate方法添加到gse对象
• 错误修复

0.1.3（2015-08-30）

• 更新的文档
• 将pivot_samples添加到gse对象
• 地质类型代号W经过重构
• 所有对象现在都必须使用软功能
• 各种错误修复程序

0.1.2（2015-08-23）

• 添加了GDS支持
• 添加到GSE、GSM和GPL的软方法
• 为GSE和GDS添加了数据库条目支持

0.1.1（2015-08-16）

• 棕色包释放

0.1.0（2015-08-16）

• pypi上的第一个版本。