基因组交互式注释库
genial的Python项目详细描述
这个库提供了交互符号，基因组注释的高级表示， 允许用户轻松提取信息、操作和重新格式化常用注释 诸如bed和gff之类的文件。
该软件包目前处于alpha阶段，只在python3上运行。
支持的格式
- 输入：床，gff3，gtf
- 输出：床
脚本
为了方便起见，我们提供了两个cli实用程序：annotparser.py和annotmergesmallgap.py。
$ annotParser.py -h
usage: annotParser.py [-h] [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-f {gff3,gtf,bed}]
[-t {extb,bed}] [-n MIN_EXON_COUNT]
[-igs IGNORE_GAPS_SMALLER_THAN]
[-igb IGNORE_GAPS_BIGGER_THAN] [-v]
Parse, filter and convert annotation files
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i INPUT, --input INPUT
input file. to read from pipe, use the argument
'stdin'
-o OUTPUT, --output OUTPUT
output file
-f {gff3,gtf,bed}, --input_format {gff3,gtf,bed}
input file format
-t {extb,bed}, --output_format {extb,bed}
output file format
-n MIN_EXON_COUNT, --min_exon_count MIN_EXON_COUNT
min number of exons
-igs IGNORE_GAPS_SMALLER_THAN, --ignore_gaps_smaller_than IGNORE_GAPS_SMALLER_THAN
-igb IGNORE_GAPS_BIGGER_THAN, --ignore_gaps_bigger_than IGNORE_GAPS_BIGGER_THAN
-v, --invert_match select non matching annotations (similar to grep -v)
$ annotMergeSmallGaps.py -h
usage: annotMergeSmallGaps.py [-h] [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-f {gff3,bed,gtf}]
[-t {extb,bed}] [-s SMALL_GAP_SIZE]
Merge exons separated by small gaps. Can also be used to convert different
kinds of annotations.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i INPUT, --input INPUT
input file. to read from pipe, use the argument
'stdin'
-o OUTPUT, --output OUTPUT
output file
-f {gff3,bed,gtf}, --input_format {gff3,bed,gtf}
input file format
-t {extb,bed}, --output_format {extb,bed}
output file format
-s SMALL_GAP_SIZE, --small_gap_size SMALL_GAP_SIZE
gap size.
上述两个脚本也可以用于从不同类型的注释文件转换。 导入库可以实现更高级的使用。
安装说明
对于在ubuntu上的全系统安装：
sudo apt-get install python3-pip sudo pip3 install genial
致谢
我要感谢我的朋友，Lucas Silva和大卫·皮雷，感谢他们对我的帮助和鼓励。 学习python和软件开发。没有它们，我很难找到这么有趣的编码和 这个项目永远不会实现。我还感谢Marcelo Reis为这个库命名的帮助：d
欢迎加入QQ群-->： 979659372
