Jupyter的Genepattern笔记本扩展
genepattern-notebook的Python项目详细描述
<<<<<<<< 有关临时使用的完整安装说明，请参见
genepattern笔记本网站。用户应：
因此，考虑一下genepattern笔记本存储库
提供GenePattern笔记本电脑环境的免费云部署。 下面的安装说明适用于希望安装
从PIP或Github进行项目，用于软件开发。 为了让genepattern笔记本正常工作，您首先需要安装一个兼容的
python的版本。这意味着您将需要Python3.4+。我们建议使用
蟒蛇蟒蛇分布。这是
python的一个科学版本，它附带了许多最流行的python包
科学、数学和数据分析（例如：numpy、scipy、pandas、matplotlib、ipython等）。 Mac用户注意：Mac附带Python，但您需要安装一个新版本，
OSX随Python2一起提供。 将genepattern-笔记本/扩展的内容复制到开发计算机并确保
如果在python路径上，则返回结果目录。要测试这个，打开python并尝试
导入genepattern。如果此操作成功，您将获得扩展名的副本。 如果您还没有安装jupyter，可以通过运行以下命令从pip安装它： pip安装jupyter 从这里开始执行下面的"加载genepattern扩展"步骤。 安装genepattern笔记本最简单的方法是通过pip或conda。它可以通过
执行下列命令之一： pip安装genepattern笔记本 或 conda install-c genepattern genepattern笔记本 在jupyter 5.2和更早版本中，在第一次使用genepattern扩展之前，
您需要通过运行下面的命令行来启用它。 在Jupyter 5.3及更高版本中，这是自动的，无需运行这些命令。 jupyter nbextension enable--py widgetsnbextension jupyter nbextension安装--py nbtools jupyter nbextension enable--py nbtools jupyter nbextension安装--py genepattern jupyter nbextension enable--py genepattern jupyter服务器扩展启用--py genepattern 最后，您可以通过在终端发出以下命令来启动jupyter笔记本： Jupyter笔记本 这将启动笔记本内核并启动指向笔记本的Web浏览器。 如果要将genepattern笔记本更新到pip上的最新版本，请运行以下命令
命令： pip安装--升级--无deps genepattern笔记本 以下github存储库包含与genepattern相关的代码或其他数据
笔记本电脑环境。 当前版本的代码仅适用于GenePattern3.9.3及更高版本！ 使用带有较旧版本Genepattern（3.9.3或3.9.4）的Genepattern笔记本的用户可以
在使用笔记本电脑之前，需要登录到genepatterui。服务器状态
消息和子作业也将不可用。如果你用的是这些老版本中的一个，
我们建议您升级到genepattern的最新版本。 genepattern笔记本电脑环境支持大多数常见的genepattern功能。少许，
但是，还没有实施。尚未支持的GenePattern功能包括： 我们致力于为基因模式社区的所有成员提供无骚扰体验，无论性别，性别认同和表达、性取向、残疾、外貌、体型、年龄、种族或宗教。我们不容忍以任何形式骚扰参与者。这一行为准则适用于所有的genepattern空间，包括google组、我们的git存储库和我们的社交媒体账户，无论是在线还是离线。任何违反本行为准则的人，Genepattern团队可自行决定予以制裁或开除。 有关更多详细信息，请参见我们的行为准则。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
安装
开发安装
安装python
从github安装genepattern笔记本
从pip或conda安装genepattern笔记本
加载genepattern扩展名
启动Jupyter
更新genepattern笔记本
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功能支持
行为准则
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