genecoder 1.1.1

要求

• 第4季度

$ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

$ brew install qt

$ sudo apt-get install libqt4-dev

如何安装

genecoder可以通过pip安装。

$ pip install genecoder
$ pyside_postinstall.py -install

用法示例

计算RC距离：

$ genecoder distance --coder n3_1 --coder n3_2 -gf4 ATGC --seq label1:ATGCATGCATGC --output [result]
$ genecoder --all --gf4all --input [FASTA]

生存分析：

$ genecoder stat --graph --coder n3_1 --outdir [result_dir] --input [tp53 database file]

结果存储在result_dir文件夹中。

从csv数据库生成fasta文件：

$ genecoder csv2fasta <idx_name> <idx_seq> [<length>] [--input=<csv>] [--output=<output>]

使用图形用户界面：

$ genecoder gui

显示帮助：

$ genecoder -h

显示支持代码：

$ genecoder list

TP53数据库文件格式

TP53数据库是一个CSV（逗号分隔值）格式的文件。 列应如下：

• 变异系数
• 序列分类
• 地区名称
• 序列号
• RFS（月）
• RFS（事件）
• 操作系统（月）
• 操作系统（事件）

如何开发

开发人员应该使用pyenv和pyenv-virtualenv。

Mac OS X用户可以通过自制程序安装：

$ brew install pyenv-virtualenv

如何构建环境：

$ git clone https://github.com/kerug/genecoder.git
$ cd genecoder

$ pyenv install 2.7.5
$ pyenv install 3.4.1
$ pyenv virtualenv 2.7.5 genecoder-2.7.5
$ pyenv virtualenv 3.4.1 genecoder-3.4.1
$ pyenv local genecoder-2.7.5 genecoder-3.4.1

$ pip install -r test-requirements.txt
$ pip3 install -r test-requirements.txt

python 2&3测试：

$ tox

或者，

$ python setup.py test

有时，需要以下命令：

$ pyside_postinstall.py -install
$ pyenv rehash

qt creator的用户界面（.ui）可以转换为python代码，如下所示：

$ pyside-uic -o mainwindow.py mainwindow.ui

参考文献

• 佐藤庆子、原田俊彦和大江正男。p53-dna结合域的编码结构 《生物信息学》29.22（2013）：2822-2825.[Link]
• http://theory.cs.uvic.ca/gen/poly.html

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