自动运行高斯函数的脚本。
gaussianrunner的Python项目详细描述
高斯隧道
自动分批运行高斯函数的python脚本。
作者：曾金哲
要求
安装
在使用gaussianrunner之前，请先安装Gaussian和OpenBabel。
pip
$ pip install gaussianrunner
从源构建
$ git clone https://github.com/njzjz/GaussianRunner.git
$ cd GaussianRunner/
$ pip install .
您可以测试程序是否正常运行：
% python setup.py pytest
示例
简单示例
>>>fromgaussianrunnerimportGaussianRunner,GaussianAnalyst>>>logfiles=GaussianRunner(keywords='opt freq b3lyp/6-31g(d,p)').runGaussianInParallel('SMILES',['C','C=C','CC','CO','OCCO','C=O','CN','O=O','O'])>>>GaussianAnalyst(properties=['free_energy']).readFromLOGs(logfiles)[{'name':'C.log','free_energy':-40.49868},{'name':'C=C.log','free_energy':-78.563562},{'name':'CC.log','free_energy':-79.786915},{'name':'CO.log','free_energy':-115.69529},{'name':'OCCO.log','free_energy':-230.198798},{'name':'C=O.log','free_energy':-114.498144},{'name':'CN.log','free_energy':-95.822381},{'name':'O=O.log','free_energy':-150.272624},{'name':'O.log','free_energy':-76.416031}]
在具有mpi
的节点上运行$ conda install mpi4py
然后使用mpi运行mpiexample.py：
$ mpirun -n 9 --hostfile hostfile python mpiexample.py
文件夹中应该有主机文件。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
