加尔鲁：清脆的类型
galru的Python项目详细描述
加尔鲁
目录
简介
Galru可以直接从长读测序中对结核分枝杆菌进行快速分型。它快速准确。它只需要最少的信息就可以产生一个spoligotype，并且当用来处理测序数据时，它可以像纳米孔测序仪产生的那样，实现近乎实时的输入。在
安装
如果你只是想快速试用该软件，请试用Docker continer。此软件设计为在Linux和OSX上运行。它不会在Windows上运行。在
康达
要安装Galru，首先安装conda with Python3，然后运行：
conda install -c conda-forge -c bioconda galru
码头工人
安装Docker。有一个docker容器，它是从Galru的最新版本自动构建的。要安装它：
^{pr2}$要使用它，您可以使用类似这样的命令（在文件名/目录中替换），使用此存储库中的示例文件：
docker run --rm -it -v /path/to/example_data:/example_data quadraminstitute/galru galru /example_data/example_reads.fastq
使用
快速入门
加尔鲁
usage: galru [options] uncorrected_long_reads.fastq
Spoligotyping from uncorrected long reads
positional arguments:
input_file Input FASTQ file of uncorrected long reads (optionally gzipped)
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--db_dir DB_DIR, -d DB_DIR
Base directory for species databases, defaults to bundled (default: None)
--cas_fasta CAS_FASTA, -c CAS_FASTA
Cas gene FASTA file (optionally gzipped), defaults to bundled (default: None)
--technology {map-ont,map-pb,ava-pb,ava-ont}, -y {map-ont,map-pb,ava-pb,ava-ont}
Sequencing technology (default: map-ont)
--threads THREADS, -t THREADS
No. of threads to use (default: 1)
--output_file OUTPUT_FILE, -o OUTPUT_FILE
Output filename, defaults to STDOUT (default: None)
--extended_results, -x
Output extended results (default: False)
--gene_start_offset GENE_START_OFFSET, -g GENE_START_OFFSET
Only count CRISPR reads which cover this base (default: 30)
--min_mapping_quality MIN_MAPPING_QUALITY, -m MIN_MAPPING_QUALITY
Minimum mapping quality score (default: 10)
--qcov_margin QCOV_MARGIN, -q QCOV_MARGIN
Maximum perc coverage difference between CRISPR and read (default: 100)
--min_bitscore MIN_BITSCORE, -b MIN_BITSCORE
Minimum blast bitscore (default: 38)
--min_identity MIN_IDENTITY, -i MIN_IDENTITY
Minimum blast identity (default: 95)
--species SPECIES, -s SPECIES
Species name, use galru_species to see all available (default: Mycobacterium_tuberculosis)
--debug Turn on debugging and save intermediate files (default: False)
--verbose, -v Turn on verbose output (default: False)
--version show program's version number and exit
许可证
Galru是自由软件，根据GPLv3授权。在
反馈/问题
请报告任何问题或提供反馈请访问issues page。如果您对软件进行改进，添加数据库或扩展配置文件，请通过pull request将更改发送给我们，这样整个社区都可以从您的工作中受益。在
引文
很快就要来了
词源学
galrú（galroo）是爱尔兰语（gaelge）感染的单词。在
外部依赖关系
系统
- 格雷普
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康达
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