GA4GH数据对象服务架构

ga4gh-dos-schemas的Python项目详细描述


数据对象服务(DOS)API的模式


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< DOS的目标是在现有对象存储系统之上创建通用API。 因此,工作流系统可以以一种单一的、标准的方式访问数据,而不管它在哪里 存储。它由GA4GH Cloud Workstream维护。

主要功能

API分为两部分:

  • 数据对象管理,它支持创建、更新、删除、版本控制, 文件和数据包的唯一标识(文件的平面集合);以及
  • 数据对象查询,它可以跨不同的云环境定位数据对象 和dos实现。

开始

安装非常简单:

$ pip install ga4gh-dos-schemas

这将安装一个演示服务器和一个python客户机,允许您 管理本地服务器中的数据对象。您可以使用ga4gh_dos_server启动演示服务器。 这将在http://localhost:8080启动数据对象服务。

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/chr22.fa.gz
md5sum chr22.fa.gz
# 41b47ce1cc21b558409c19b892e1c0d1  chr22.fa.gz
curl -X POST -H 'Content-Type: application/json' \
    --data '{"data_object":
              {"id": "hg38-chr22",
               "name": "Human Reference Chromosome 22",
               "checksums": [{"checksum": "41b47ce1cc21b558409c19b892e1c0d1", "type": "md5"}],
               "urls": [{"url": "http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/chr22.fa.gz"}],
               "size": "12255678"}}' http://localhost:8080/ga4gh/dos/v1/dataobjects
# We can then get the newly created Data Object by id
curl http://localhost:8080/ga4gh/dos/v1/dataobjects/hg38-chr22
# Or by checksum!
curl -X GET http://localhost:8080/ga4gh/dos/v1/dataobjects -d checksum=41b47ce1cc21b558409c19b892e1c0d1

有关开始的更多信息,请查看 quickstart guide 或者ReadtheDocs上的其他文档!

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