python库解析流感传播注释
flupan的Python项目详细描述
flupan
==
python库解析流感传播注释。
这些生长条件被记录为速记传递注释。然而，这些段落往往不一致，不容易机器阅读。此库接受单个段落历史字符串（例如m1_s3）并返回包含其解释的对象。
[Github回购项目]（https://github.com/claus wilke/flupan）
一轮又一轮的通过。m为mdck细胞，3为传代3次。
-这些部分串在一起形成完整的历史，例如m1_s2。该菌株在mdck细胞中传代一次，然后在siat1细胞中传代两次。
-a"/"在s1/s1中可能意味着该菌株被转移到不同的实验室并重新鉴定。
-a"+"如s2+3所示，可能意味着在某种类型的断裂后，在先前的条件下对应变进行了重新取样。在s2+3中，菌株最初在siat1细胞中传代两次，之后在siat1细胞中传代三次。
/>易于安装flupan
```
或者，flupan也可以从源安装。
``bash
git clone https://github.com/clauswilke/flupan.git
cd flupan
python setup.py install
udo]python setup.py test
```
如果您发现任何问题，请在"问题"选项卡下提交，我们将添加它们。或者，特殊情况可以本地附加到段落查找表中（请参阅下面的"自定义段落注释"部分）：[https://github.com/clauswilke/flupan/issues]（https://github.com/clauswilke/flupan/issues）
flupan
>；p p=flupan.passageparser（）创建passageparser对象
>；p=pp.parse謺passage（"m1"）謺parse annotation"m1"
>；p.summary謺文章解释的快速摘要
['m1'、'm1'、'cell'、'mdck'、'exactly'、'1']pp.解析"e 1/m3"，4）
>；p.原始输入通道
e 1/mdck3
>；p.普通格式；输入通道大写，删除特殊字符r/>和公共段落id被缩短
此步骤目前对于公共注释很有用，但对于解析不常见或格式怪异的段落，可能会返回无意义的结果
e1 m3
>；p.顺序段落
["e1"，"m3"]
>；p.常规段落攻击通道类型的大类别
["egg"，"caninecell"]
>；p.特定通道；通道类型的更特定类别（如果已知）
["egg"，"mdck"]
>；p.总通道；总通道，如果可以确定
4
>；gt；p.min嫒u passages嫒至少出现了这么多轮（对于没有注释轮数的通道id有用）
4
>；p.passages嫒u series嫒a ordered list of each round of passages
[[1'egg'，[2，'mdck'，[3，'mdck'，[4'mdck']
>；p.summary段落特征列表
['e 1/mdck3"，"e_u 1_mdck3，""e1_m 3，""鸡蛋+卡尼塞尔，""鸡蛋+mdck，""正好，""4"]
1.原始输入，2.标准化输入，3.强制格式输入，4。一般通道类型，5.特定通道类型，6.段落数量限定符，7。段落数
````
显示此帮助消息并退出
-f infile，--infile infile
a通道id文件，例如m1 s4，每行一个
-p通道，--通道
要解析的单个通道id，例如e4
-o outfile，--outfile outfile
存储输出的输出文件
例如
``bash
$translate撸passage-p'm2+rhmk1'
m2+rhmk1，m2撸rhmk1，m2撸r1，caninecell+monkeycell，mdck+rhmk，准确地说，
```
鉴于先前通道类型的同一性，例如，MDCK3+2被解释为在通道类型之后经过5个MDCK通道
《犬类动物通道》
-siat-passage=["siat"，"s"，"mdcksiat"]
-mdck-passage=["mdck"，"m"，"mk"]
-unknownowncell-passage=["c"，"x"]
<
《世界动物通道》=["c"，"x"]
-rhmk=["rhmk"，"r mk"，"r"，"prhmk"，"rii"]
-tmk=["tmk"]
-vero=["vero"，"v"]
-vero=["vero"，"v"]
-vero=["vero"，"v"]
-verg=["vero"，"v"]
-eg卵=["al"，"尿囊"，"卵"，"e"，"e"，"am"，"羊膜"]
"《猪血细胞通道》
-pthyr=["pthyr"]
-pthyr=["pthyr"]
<<<鸡细胞传代]
<
<<
-未知=["未知"，"p"，"nc"]
caninecell=siat+mdck
monkeycell=rhmk+tmk+vero
所有细胞=犬细胞+单核细胞+未知细胞+鸡细胞+rmix+minkcell
所有细胞通道=犬细胞+单核细胞+卵细胞+未知细胞+猪细胞+未知细胞+鸡细胞+rmix+minkcell
如果在flupan数据库中观察到或无法解析，则会给出空注释。
添加自定义批注有两种方法：
1。可以将自定义注释添加到非标准的"通道"input.txt，然后运行generate"通道"table.py。这将向passion_lookup.txt添加附加自定义注释
2。直接添加到passage\u lookup.txt。警告：运行generate_passage_table.py将覆盖直接对passage_lookup.txt所做的任何更改。
3.可以将自定义段落类别添加到generate_passage_table.py脚本中，以便从头生成段落注释
自定义段落注释应以以下格式每行编写1个：
passage，general_type，specific_type，number_rounds
例如mdck3，caninecell，mdck，3
表
flupan中使用的表存储在src/tables
passage_lookup.txt：运行generate_passage_table.py生成的查找表。生成的段落注释、非标准段落注释和未知段落注释的连接。flupan要求。
nonstandard_passage s_input.txt：自定义段落注释表
unknown_passages_input.txt：不可解释的段落ID表。
converte_format.txt：flupan所需的段落关键字和简化版本表（如SIAT S）
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python库解析流感传播注释。
这些生长条件被记录为速记传递注释。然而，这些段落往往不一致，不容易机器阅读。此库接受单个段落历史字符串（例如m1_s3）并返回包含其解释的对象。
[Github回购项目]（https://github.com/claus wilke/flupan）
一轮又一轮的通过。m为mdck细胞，3为传代3次。
-这些部分串在一起形成完整的历史，例如m1_s2。该菌株在mdck细胞中传代一次，然后在siat1细胞中传代两次。
-a"/"在s1/s1中可能意味着该菌株被转移到不同的实验室并重新鉴定。
-a"+"如s2+3所示，可能意味着在某种类型的断裂后，在先前的条件下对应变进行了重新取样。在s2+3中，菌株最初在siat1细胞中传代两次，之后在siat1细胞中传代三次。
/>易于安装flupan
```
或者，flupan也可以从源安装。
``bash
git clone https://github.com/clauswilke/flupan.git
cd flupan
python setup.py install
udo]python setup.py test
```
如果您发现任何问题，请在"问题"选项卡下提交，我们将添加它们。或者，特殊情况可以本地附加到段落查找表中（请参阅下面的"自定义段落注释"部分）：[https://github.com/clauswilke/flupan/issues]（https://github.com/clauswilke/flupan/issues）
flupan
>；p p=flupan.passageparser（）创建passageparser对象
>；p=pp.parse謺passage（"m1"）謺parse annotation"m1"
>；p.summary謺文章解释的快速摘要
['m1'、'm1'、'cell'、'mdck'、'exactly'、'1']pp.解析"e 1/m3"，4）
>；p.原始输入通道
e 1/mdck3
>；p.普通格式；输入通道大写，删除特殊字符r/>和公共段落id被缩短
此步骤目前对于公共注释很有用，但对于解析不常见或格式怪异的段落，可能会返回无意义的结果
e1 m3
>；p.顺序段落
["e1"，"m3"]
>；p.常规段落攻击通道类型的大类别
["egg"，"caninecell"]
>；p.特定通道；通道类型的更特定类别（如果已知）
["egg"，"mdck"]
>；p.总通道；总通道，如果可以确定
4
>；gt；p.min嫒u passages嫒至少出现了这么多轮（对于没有注释轮数的通道id有用）
4
>；p.passages嫒u series嫒a ordered list of each round of passages
[[1'egg'，[2，'mdck'，[3，'mdck'，[4'mdck']
>；p.summary段落特征列表
['e 1/mdck3"，"e_u 1_mdck3，""e1_m 3，""鸡蛋+卡尼塞尔，""鸡蛋+mdck，""正好，""4"]
1.原始输入，2.标准化输入，3.强制格式输入，4。一般通道类型，5.特定通道类型，6.段落数量限定符，7。段落数
````
显示此帮助消息并退出
-f infile，--infile infile
a通道id文件，例如m1 s4，每行一个
-p通道，--通道
要解析的单个通道id，例如e4
-o outfile，--outfile outfile
存储输出的输出文件
例如
``bash
$translate撸passage-p'm2+rhmk1'
m2+rhmk1，m2撸rhmk1，m2撸r1，caninecell+monkeycell，mdck+rhmk，准确地说，
```
鉴于先前通道类型的同一性，例如，MDCK3+2被解释为在通道类型之后经过5个MDCK通道
《犬类动物通道》
-siat-passage=["siat"，"s"，"mdcksiat"]
-mdck-passage=["mdck"，"m"，"mk"]
-unknownowncell-passage=["c"，"x"]
<
《世界动物通道》=["c"，"x"]
-rhmk=["rhmk"，"r mk"，"r"，"prhmk"，"rii"]
-tmk=["tmk"]
-vero=["vero"，"v"]
-vero=["vero"，"v"]
-vero=["vero"，"v"]
-verg=["vero"，"v"]
-eg卵=["al"，"尿囊"，"卵"，"e"，"e"，"am"，"羊膜"]
"《猪血细胞通道》
-pthyr=["pthyr"]
-pthyr=["pthyr"]
<<<鸡细胞传代]
<
<<
-未知=["未知"，"p"，"nc"]
caninecell=siat+mdck
monkeycell=rhmk+tmk+vero
所有细胞=犬细胞+单核细胞+未知细胞+鸡细胞+rmix+minkcell
所有细胞通道=犬细胞+单核细胞+卵细胞+未知细胞+猪细胞+未知细胞+鸡细胞+rmix+minkcell
如果在flupan数据库中观察到或无法解析，则会给出空注释。
添加自定义批注有两种方法：
1。可以将自定义注释添加到非标准的"通道"input.txt，然后运行generate"通道"table.py。这将向passion_lookup.txt添加附加自定义注释
2。直接添加到passage\u lookup.txt。警告：运行generate_passage_table.py将覆盖直接对passage_lookup.txt所做的任何更改。
3.可以将自定义段落类别添加到generate_passage_table.py脚本中，以便从头生成段落注释
自定义段落注释应以以下格式每行编写1个：
passage，general_type，specific_type，number_rounds
例如mdck3，caninecell，mdck，3
表
flupan中使用的表存储在src/tables
passage_lookup.txt：运行generate_passage_table.py生成的查找表。生成的段落注释、非标准段落注释和未知段落注释的连接。flupan要求。
nonstandard_passage s_input.txt：自定义段落注释表
unknown_passages_input.txt：不可解释的段落ID表。
converte_format.txt：flupan所需的段落关键字和简化版本表（如SIAT S）
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