获取包含在bam、sam或fastq中的fast5文件的路径。
fast5seek的Python项目详细描述
#快速5搜索
[！[pypi status]（https://img.shields.io/pypi/v/fast5seek.svg）（https://pypi.python.org/pypi/fast5seek）
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/mbhall88/fast5seek.svg？branch=master）（https://travis ci.org/mbhall88/fast5seek）
[！[Github许可证]（https://img.shields.io/github/license/mbhall88/fast5seek.svg）]（https://github.com/mbhall88/fast5seek/blob/master/license）
[！[推特关注]（https://img.shields.io/twitter/follow/mbhall88.svg？style=social&logo=twitter&label=follow）（https://twitter.com/mbhall88）
此程序接受一个（或多个）fast5文件目录以及任意数量的fastq、sam或bam文件。输出是所有fast5文件的完整路径，fastq、bam或sam文件也在提供的fast5目录中。
`` bash
pip3 install fast5seek
``````
`` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `/>
` in.fastq in.bam in.sam`文件，并从每个记录中提取读取id。然后，它会遍历`/path/to/fast5s'下的所有
fast5文件，并检查它们的读取ID是否在`<；in.fastq in.bam in.sam>；中的读取ID集中。如果是，则文件的
路径将写入其自己的行in`out.txt`.
如果未给出输出（`-o`），则将输出写入“stdout”。
\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\>从给定目录输出所有fast5文件的路径包含在fastq或bam/sam文件中。
-帮助显示此帮助消息并退出
-I FAST5YDIR [ FAST5XDIR…]，FAST5XIDIR FAST5YDI[FAST5YDIR…] BR/>您想查询的FACT5文件目录。程序将递归地遍历子目录。
-r reference[引用…]，--reference reference[引用…]
fastq或bam/sam文件。
-o output，--output output
要写入fast5路径的文件名。如果未输入
，它将写入到stdout的路径。
-m，--mapped only extract read id for mapped reads in bam/sam
文件。
--日志级别{0,1,2,3,4,5}
日志级别。0表示无，5表示调试。
默认值为4，它将报告信息、警告、错误、
和关键信息。
--无进度条不显示进度条。
````
不需要合并bam fastq sam文件。
fast5seek-i/myfast5/dir/1//other/fast5/dir/2/-r reads.sorted.bam reads2.bam
如果通配符位于同一目录中，则可以使用
其他程序，您可以执行类似于
打开
`fast5`文件，我们建议您首先将
`fast5seek`的输出保存到一个文件中保存，然后进行如下分析：
mkdir subset_dir-dir/
fast5seek-i/path/t o/fasts5s/-r in.fastq-o mapped_reads.txt
cat mapped_reads.txt xargs cp-t subset_subset_dir/
是的如果程序有任何问题，请[在上面打开一个问题]（https://github.com/mbhall88/fast5seek/issues）。
[！[pypi status]（https://img.shields.io/pypi/v/fast5seek.svg）（https://pypi.python.org/pypi/fast5seek）
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/mbhall88/fast5seek.svg？branch=master）（https://travis ci.org/mbhall88/fast5seek）
[！[Github许可证]（https://img.shields.io/github/license/mbhall88/fast5seek.svg）]（https://github.com/mbhall88/fast5seek/blob/master/license）
[！[推特关注]（https://img.shields.io/twitter/follow/mbhall88.svg？style=social&logo=twitter&label=follow）（https://twitter.com/mbhall88）
此程序接受一个（或多个）fast5文件目录以及任意数量的fastq、sam或bam文件。输出是所有fast5文件的完整路径，fastq、bam或sam文件也在提供的fast5目录中。
`` bash
pip3 install fast5seek
``````
`` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `/>
` in.fastq in.bam in.sam`文件，并从每个记录中提取读取id。然后，它会遍历`/path/to/fast5s'下的所有
fast5文件，并检查它们的读取ID是否在`<；in.fastq in.bam in.sam>；中的读取ID集中。如果是，则文件的
路径将写入其自己的行in`out.txt`.
如果未给出输出（`-o`），则将输出写入“stdout”。
\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\>从给定目录输出所有fast5文件的路径包含在fastq或bam/sam文件中。
-帮助显示此帮助消息并退出
-I FAST5YDIR [ FAST5XDIR…]，FAST5XIDIR FAST5YDI[FAST5YDIR…] BR/>您想查询的FACT5文件目录。程序将递归地遍历子目录。
-r reference[引用…]，--reference reference[引用…]
fastq或bam/sam文件。
-o output，--output output
要写入fast5路径的文件名。如果未输入
，它将写入到stdout的路径。
-m，--mapped only extract read id for mapped reads in bam/sam
文件。
--日志级别{0,1,2,3,4,5}
日志级别。0表示无，5表示调试。
默认值为4，它将报告信息、警告、错误、
和关键信息。
--无进度条不显示进度条。
````
不需要合并bam fastq sam文件。
fast5seek-i/myfast5/dir/1//other/fast5/dir/2/-r reads.sorted.bam reads2.bam
如果通配符位于同一目录中，则可以使用
其他程序，您可以执行类似于
打开
`fast5`文件，我们建议您首先将
`fast5seek`的输出保存到一个文件中保存，然后进行如下分析：
mkdir subset_dir-dir/
fast5seek-i/path/t o/fasts5s/-r in.fastq-o mapped_reads.txt
cat mapped_reads.txt xargs cp-t subset_subset_dir/
是的如果程序有任何问题，请[在上面打开一个问题]（https://github.com/mbhall88/fast5seek/issues）。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
