一个跨平台、紧凑的gui应用程序,用于液浸式内窥镜的光学畸变校准。
endocal的Python项目详细描述
endocal是一个跨平台、紧凑的gui应用程序,用于液体浸没的光学畸变校准 内窥镜。它使用OpenCV摄像机校准模块。
内分泌学是由Dzhoshkun I.Shakir作为{A2}的一部分在 ^位于Centre for Medical Image Computing中的{a3} University College London (UCL)。
功能
- 用于内窥镜光学畸变校准的轻巧、紧凑的图形用户界面应用程序
- 用于生成用于校准目标制造的ASCII DXF files的命令行应用程序(从Daniil I.Nikitichev开发的Matlab脚本翻译而来)
详细的变更日志可以在GitHub上找到。
系统要求
安装
安装内膜
pip install endocal
测试您的安装
- 通过运行endocal-test启动测试应用程序。
- This screenshot向您展示了启动应用程序时的期望。
- 要执行光学失真校准,请按照应用程序窗口顶部红色显示的说明进行操作。
- 在获取校准数据时,检测到的校准模式斑点将通过一个虚拟覆盖强调为 在this acquisition-mode screenshot中。
- 每次校准的所有数据都将保存在根目录中一个具有可读时间戳、唯一命名的文件夹中。
在启动应用程序的文件夹中创建了名为tmp-sample_002的文件夹。
例如,tmp-sample_002/2018-02-08-11-03-19-AHDHO用于2018年2月8日上午11:03运行的校准。
保存的数据包括:
- 一个名为calibration.yml的YAML文件,带有计算的校准参数
- 用于校准的帧保存为索引图像文件,例如frame_009.jpg
- 执行校准后,应用程序将自动向 应用程序窗口右侧,如this undistortion-mode screenshot。
卸载内膜
pip uninstall endocal
用法
校准
endocal --help显示所需输入参数的详细信息。下面提供了一些示例:
- 使用保存为/data/offline文件夹中索引图像文件的所有帧进行脱机校准:
endocal --pattern-specs 31131 --output-folder ./calibration-results --input /data/offline/frame_%03d.jpg
- 使用由帧捕获器提供的内窥镜实时视频流进行实时校准(假设 帧抓取器是mounted作为/dev/video0):
endocal --input 0 --pattern-specs 31131 --output-folder ./calibration-results
- 使用整个内窥镜视频帧的700 x 700子帧(其全尺寸为1920 x 1080):
endocal --input 0 --pattern-specs 31131 --output-folder ./calibration-results --roi 620200700700
ascii dxf文件生成
dxf --help显示所需输入参数的详细信息。
例如,生成一个直径为1 mm的非对称圆网格,用激光蚀刻 光束宽度为45 μm(微米)的刀具:
dxf --laser-beam-width 45 --diameter 1 --output-file output.dxf
这里网格被保存到文件output.dxf,相应的(椭圆)图例保存到output-legend.dxf(图例 文件名总是从主DXF文件名推断)。
故障排除
请检查these hints以防您遇到任何内分泌问题。
许可和版权
版权所有(C)2016,University College London。endocal是一个 BSD 3条款许可证。
致谢
这项工作是通过一项创新的健康工程来支持的。通过Wellcome Trust [wt101957],Engineering and Physical Sciences Research Council (EPSRC)[ns/a000027/1]和 National Institute for Health Research生物医学研究中心UCLH/UCL高影响力计划。