电子显微镜单粒子螺旋重建
emspring的Python项目详细描述
关于
spring ( s 单页 p 文章 r 来自 i k n 自身 g 地球测量学的Econstruction)是一个基于单粒子的电子冷冻显微图像螺旋重建包,一直是我们的产品。用于测定各种高阶和低阶试样的三维结构。spring提供螺旋重建所需的整个单粒子工作流,包括:
- 分类
- 螺旋对称性测定和细化工具
- 高分辨率结构优化
- 多重对称结构优化
spring目前在sachse实验室开发 embl 适用于MacOSX和Linux的Unix操作系统。
参考
如果您发现spring对您的研究有用,请引用:
Desfosses,A.,Ciuffa,R.,Gutsche,I.,和Sachse,C.(2014)。spring-一个基于单粒子的电子冷冻图像螺旋重建的图像处理软件包。 结构生物学185,15-26。
有关更多信息,请查找与spring相关的出版物。
安装
我们提供包含所有必需组件的二进制下载,并为所有依赖项构建配方。 请按照安装说明进行安装,以获取更多详细信息。
致谢
spring是在改进的bsd lisence下发布的,它集成了几个不同的电子显微镜专用软件包和其他开源软件包。spring完全是用python编写的,它基于以下的em函数和库:
- eman2
- sparx
- ctffind/ctftilt < > >