一个用于存储和查询知识图嵌入的包

embeddingdb的Python项目详细描述


这个包提供了一个数据库模式和python包装器 用于存储通过各种表示生成的嵌入 学习包。

目前,这个包的重点是使用带有sqlalchemy的sql数据库, 但是可以扩展为使用nosql数据库作为替代。

安装

直接从github安装embeddingdb,使用:

$ pip install git+https://github.com/cthoyt/embeddingdb

将环境变量EMBEDDINGDB_CONNECTION设置为有效 postgresql实例的sqlalchemy连接字符串,因为此包使用 PostgreSQL特定的^{TT3}$类型。

命令行界面

此包安装一个入口点embeddingdb,可以直接从 贝壳。

上传实体嵌入

实体可以嵌入和存储在不同类型的表示学习中, 包括网络表示学习、知识图嵌入和文本 学习。

通过使用:

指定文件路径,上载由word2vec生成的嵌入
$ embeddingdb upload --fmt word2vec --path ~/path/to/file.txt

通过指定输出目录上载由pykeen生成的嵌入 使用:

$ embeddingdb upload --fmt keen --path ~/path/to/directory/

列表实体嵌入

上传后,可使用以下命令列出收藏:

$ embeddingdb ls

分析实体嵌入的相关性

构建这个存储库的动机之一是 比较通过正交嵌入技术生成的实体的嵌入。 例如,我们想知道蛋白质在多大程度上是由 它们带有ratvec的序列包含与生成的嵌入相同的信息 与pykeennrl的蛋白质-蛋白质相互作用网络。

这两个位置参数对应于数据库中的集合标识符。

$ embeddingdb analyze 12

与Docker一起运行

安装Docker后,整个Web应用程序可以用以下命令实例化:

$ docker-compose up

获取端点/test以实例化数据库并添加测试集合。

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