电子衍射数据自动处理和聚类工具的收集。
edtools的Python项目详细描述
edtools公司
用于单晶电子衍射数据自动处理和聚类的工具集合。在
使用pip install edtools安装。在
The source for this project is available here。在
管道工具
在自动索引.py
在所有子目录中查找与XDS.INP匹配的文件，并使用XDS运行它们。在
In: XDS.INP
Out: XDS data processing on all files
提取_信息py
在所有子目录中查找与CORRECT.LP匹配的文件，并提取单元单元/集成信息。总结excel文件cells.xlsx和cells.yaml中的单位单元格。XDS公司_ASCII.HKL{/7}中列出了匹配条件。或者，收集本地目录中相应的XDS_ASCII.HKL文件。cells.yaml文件可以用作进一步处理的输入。在
查找_细胞.py
这个程序a细胞.yaml文件并显示带有单位单元格参数的直方图图。这个程序模拟CELLPARM（http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/html_doc/cellparm_program.html）并计算加权平均晶格参数，其中权重通常是观察到的反射数（默认为1.0）。对于每个晶格参数，在给定范围内计算平均值（默认范围=中值+-2）。可以通过拖动直方图图上的光标来更改范围。在
或者，可以通过发出--cluster命令对单位单元进行聚类，其中显示了一个树状图。可以通过点击树状图来选择聚类截止点。集群将被写入cells_cluster_#.yaml。在
In: cells.yaml
Out: mean cell parameters
cells_*.yaml (clustering only)
制造_xscale.py
为XSCALE准备输入文件XSCALE.INP，为XDSCONV准备相应的XDSCONV.INP。以cells.yaml文件或一系列XDS_ASCII.HKL文件作为输入，并使用这些文件生成XSCALE.INP文件。在
In: cells.yaml / XDS_ASCII.HKL
Out: XSCALE.INP
在群集.py
解析XSCALE.LP文件中反射文件之间的相关系数，以执行层次聚类分析（Giordano等人，Acta Cryst。（2012年）。D68649–658页）。可以通过单击树状图窗口来选择截止阈值。程序将把新的XSCALE.LP文件写入子目录cluster_#，并在它们上运行XSCALE，而且（如果可用的话）是没有意义的。在
In: XSCALE.LP
Out: cluster_n/
filelist.txt
*_XDS_ASCII.HKL
XSCALE processing
Pointless processing
shelx.hkl
shelx.ins (optional)
辅助工具
制造_谢尔克斯.py
创建shelx输入文件。需要sginfo在系统路径上可用才能生成SYMM/LATT卡。在
In: cell, space group, composition
Out: shelx.ins
用法：
edtools.make_shelx -c 10.0 20.0 30.0 90.0 90.0 90.0 -s Cmmm -m Si180 O360
跑_无意义.py
寻找XDS_ASCII.HKL中指定的文件细胞.yaml，或在命令行上运行，而对它们毫无意义。在
In: cells.yaml / XDS_ASCII.HKL
Out: Pointless processing
更新_xds.py公司
在所有子目录中查找与CORRECT.LP匹配的文件，并根据指定更新单元参数/空间组。在
In: XDS.INP
Out: XDS.INP
用法：
edtools.update_xds -c 10.0 20.0 30.0 90.0 90.0 90.0 -s Cmmm
查找旋转_轴.py
找到旋转轴并打印出几个程序（XDS、PETS、DIALS、Instamatic和RED）的输入。实现了Gorelik等人的算法（ADT/ADT3D简介，电子晶体学和粉末衍射（2012），337-347）。程序读取XDS.INP以获取有关波长、像素大小、振荡角度和光束中心的信息，以及{XDS.INP文件，程序将尝试在当前目录中查找它。在
In: XDS.INP, SPOT.XDS
Out: Rotation axis
用法：
edtools.find_rotation_axis [XDS.INP]
要求
- Python3.6包括
numpy、scipy、matplotlib和{}库 - ^{
或 cctbx.python必须在^{的系统路径上可用 - （Windows 10）访问WSL
- （Windows 10）XDS和相关工具必须在WSL下可用
- 项目
标签：
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