edrixs 0.0.4

功能

• ED解算器
• xas光谱
• 里克斯谱

安装

• 所需的工具和库

  • Fortran compiler: gfortran and ifort are supported
  • MPI environment: openmpi and mpich are tested
  • mpif90 (binding with gfortran or ifort) and mpicc (binding with gcc)
  • Python3
  • BLAS and LAPACK: gfortran+OpenBLAS or ifort+MKL
  • arpack-ng (with mpi enabled)
  • Numpy
  • Scipy
  • Sympy
  • Matplotlib
  • mpi4py
  • Sphinx
  • Numpydoc

  请确保使用相同的（MPI）Fortran编译器编译openblas、arpack ng、mpi4py和edrix。

• 安装edrix的fortran部分

  $ cd src
  $ make F90=mpif90 LIBS="-L/usr/local/lib -lopenblas -lparpack -larpack"
  $ make install
  

  其中，您可能需要根据您的特定环境更改F90和LIBS。在mkl中使用gfortran时会出现问题，因此建议使用gfortran+OpenBLAS或ifort+MKL。libedrixsfortran.a将被生成，这将在构建python接口时使用。可执行文件.x将安装在edrixs/bin目录中，并在.bashrc或.bash_profile文件中添加以下行，

  exportPATH=/root_dir_of_edrixs/edrixs/bin:$PATH

• 安装edrix的python部分

  确保首先在src中生成libedrixsfortran.a。

  $ python setup.py config_fc --f77exec=mpif90 --f90exec=mpif90 build_ext \
    --libraries=openblas,parpack,arpack --library-dirs=/usr/lib:/usr/local/lib:/opt/local/lib \
    --link-objects=./src/libedrixsfortran.a
  $ pip install .
  

  其中，--library-dirs是搜索--libraries的路径，请根据您的环境进行设置。

在Docker中运行edrix

为了让生活更容易，我们已经为edrix构建了一个基于ubuntu linux（18.04）的docker镜像，这样你就不需要再为安装而纠结了。 只要docker应用程序可用，docker映像就可以在任何操作系统上使用。 按照以下步骤使用Docker图像：

• 在系统和learn how to use it上安装docker应用程序。

• Docker运行后，创建一个目录以将数据存储在主机操作系统中，并启动一个容器以运行EDRIX

  $ mkdir /dir/on/your/host/os   # A directory on your host OS
  $ docker pull edrixs/edrixs    # pull latest version
  $ docker run -it -p 8888:8888 -u rixs -w /home/rixs -v /dir/on/your/host/os:/home/rixs/data edrixs/edrixs
  

  第一次从Docker Hub中提取图像需要一段时间，而下一次它将非常快地启动本地图像。

  • -p 8888:8888将容器的端口8888映射到主机端口8888。
  • -u rix表示使用默认用户rixs登录ubuntu linux，密码是rixs。
  • -v/dir/on/your/host/os:/home/rixs/dat意味着将目录/dir/on/your/host/os从主机操作系统装载到容器中的ubuntu linux上的/home/rixs/data。

• 启动容器后，您将在/home/rixs目录中看到data和edrixs_examples。如果要将来自edrixs计算的数据保存到主机系统，则需要在/home/rixs/data目录中工作。

  $ cd /home/rixs/data
  $ cp -r ../edrixs_examples .
  $ Play with edrixs ...
  

  请注意，当此容器停止时，/home/rixs/data之外的任何更改都将丢失。您只能使用主机操作系统制作交互式绘图。如果需要，请使用sudo apt-get install安装软件。

< >容器中的类型^ {TT26}$退出。您可以通过

$ docker rm $(docker ps -a -q)

• 您可以通过

  $ docker rmi edrixs/edrixs
  

如何引用

如果您正在使用edrixs代码进行一些研究，并希望发表您的伟大作品，如果您能引用以下文章，将不胜感激

EDRIXS: An open source toolkit for simulating spectra of resonant inelastic x-ray scattering
Y.L. Wang, G. Fabbris, M.P.M. Dean and G. Kotliar, arXiv:1812.05735. Accepted as publication in CPC.