dreamtools 1.3.0

内容

• Overview
• Installation
  • Usage
• Available challenges, templates and gold standards

Overview

动机

dreamtools旨在共享在DREAM挑战评分中使用的代码，这些挑战对系统生物学和转化医学提出了基本问题。

dreamtools的主要目标是提供：

1. 通过一个独立的应用程序（称为dreamtools）为end-users在过去的梦想挑战中使用的评分函数进行评分。
2. developers的一个常见地方参与梦想挑战以共享代码

dreamtools不提供与聚合相关的代码， 排行榜，或更复杂的分析，即使这样的代码 可提供（例如，在d8c1挑战中）。

请注意，许多评分函数都需要放在Synapse上的数据。因此，我们强烈建议您注册到synapse。根据挑战的不同，可能会要求您接受使用数据的协议条款。

Installation

对于熟悉python的人，可以使用python提供的pip executable。它将安装最新版本的dreamtools和依赖项：

pip install cython
pip install dreamtools

如果您不熟悉编译和/或python，则可以使用conda，因为我们已经使用名为bioconda的conda通道预编译了包

conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda install dreamtools

有关详细信息，请参见Installation section on RTD。

>>> from dreamtools import D6C3
>>> s = D6C3()
>>> s.score(s.download_template())
{'results': chi2            53.980741
R-square        34.733565
Spearman(Sp)     0.646917
Pearson(Cp)      0.647516
dtype: float64}

dreamtools --challenge D6C3 --submission path_to_a_file

Available challenges, templates and gold standards

dreamtools包含从dream2到dream9.5的约80%的梦想挑战 请访问F1000 link（表1）。

所有黄金标准和模板都将自动检索。一旦下载，你 可以获得金标准或模板的位置，如下所示：

dreamtools --challenge D6C3 --download-gold-standard
dreamtools --challenge D6C3 --download-template

有关详细信息，请参见online documentation on RTD。