drawnmr 0.24

什么是drawnmr？

drawnmr是在python中查看nmr数据的模块。当与 nmrglue和bokeh包，drawnmr提供查看和 与核磁共振数据相互作用。

drawnmr是nmrglue功能的包装器，并提供帮助函数 显示bokeh中的数据，这是一个交互式可视化库。

主要目的是在一个笔记本上显示核磁共振数据。 如果未运行jupyter笔记本安装，bokeh允许 要保存到静态HTML文件的输出。

nmrglue用于处理nmrdata，并使用bokeh。 用于展示和互动。函数get_contour_widget（） 创建ipywidgets以轻松控制轮廓级别。功能 get_peakpick（）调用nmrgluepeakpick.pick（）查找峰值， 从数据点转换为ppm坐标，存储在 易于检查，并将峰值添加到bokeh图中。

重要链接

• 源代码：https://github.com/tlinnet/drawnmr
• pypi包：https://pypi.python.org/pypi/drawnmr
• 链接到nmrglue：https://www.nmrglue.com和https://github.com/jjhelmus/nmrglue
• 链接到bokeh：https://bokeh.pydata.org和https://github.com/bokeh/bokeh

参见示例

使用nbviewer.jupyter.org来：

• 请参阅默认笔记本15n/13c二维轮廓：nmrglue_s4_2d_plotting.ipynb
• 请参见如何使用小部件更改轮廓级别：contour_widget.ipynb
• 查看如何使用nmrglue peak pick，打印表格并显示：contour_find_peaks.ipynb

启动交互式jupyter笔记本mybinder.org以尝试示例：

如何安装？

如果使用conda，这些步骤将安装环境

# With pip from https://pypi.python.org/pypi/drawnmr
pip install drawnmr

本地conda环境的开发人员安装：

# Create environment
conda env create -f environment.yml

# Activate environment
conda env list
source activate drawnmr

# Enable ipywidgets
jupyter nbextension list
jupyter nbextension enable --py widgetsnbextension --sys-prefix

# Start jupyter
jupyter notebook

或在根环境中手动安装：

# Manually install package
python setup.py install --force

#  Manually uninstall
python setup.py install --record files.txt
PACK=`dirname $(head -n 1 files.txt)`
rm -rf $PACK#cat files.txt | xargs rm -rf

显影剂

• 上传指南：http://peterdowns.com/posts/first-time-with-pypi.html
• 更新信息：https://packaging.python.org/guides/migrating-to-pypi-org/#uploading
• pypi测试帐户：http://testpypi.python.org/pypi?%3Aaction=register_form
• PYPI实时帐户：http://pypi.python.org/pypi?%3Aaction=register_form

# Modify version in: drawnmr/__init__.py
# Create tag
VERS=`python -c "from drawnmr import __version__; print(__version__)"`# Adds a tag so that we can put this on PyPI
git tag $VERS -m ""
git push --tags origin master

# Upload your package to PyPI Test
python setup.py sdist upload -r pypitest
open https://testpypi.python.org/pypi/drawnmr

# Upload to PyPI Live
# Once you've successfully uploaded to PyPI Test, perform the same steps but point to the live PyPI server instead.
python setup.py sdist upload -r pypi
open https://pypi.python.org/pypi/drawnmr