计算持久同调的库
dionysus的Python项目详细描述
Dionysus是一个计算拓扑包，主要关注 持久同源性。它是用C++编写的，带有Python绑定。 第二个版本（previous version） 从头开始重新编写，这有助于它实现一些目标：
- Modified BSD license (because GPL causes too many problems in academic software).
- No dependency on Boost.Python; Dionysus 2 uses (and includes) PyBind11 instead, which greatly simplifies installation.
- Cleaner, more consistent internal design (for example, all algorithms support arbitrary fields).
- Some new algorithms, e.g., omni-field persistence and Wasserstein and bottleneck distance computation from Hera.
- A few plotting routines, based on Matplotlib.
- Better integration with NumPy.
尚未从Dionysus 1恢复过来的功能包括葡萄园。 α形过滤可通过DioDe获得。
- 依赖项：
- Boost，尽管狄俄尼索斯2没有链接任何库，因此构建项目要容易得多。
- （可选）SciPy用于circular coordinates中使用的lsqr例程。
- （可选）Maplotlib用于绘图。
- 要求：
- Boost必须至少是1.55版。
- 如果您使用的是gcc，那么支持的最早版本是5.4。
- 联系人：
- 请使用dionysus mailing list 有关图书馆的所有问题和讨论；
- Github的issue tracker 是错误报告和功能请求的中心位置。
获取、构建、安装
安装dionysus作为python包的最简单方法是PyPI：
pip install --verbose dionysus
如果您已经安装了狄俄尼索斯的某个版本，请将--upgrade传递给pip。
或者，您可以直接从开发存储库安装它（这将提供最新版本）：
pip install --verbose git+https://github.com/mrzv/dionysus.git
或者，您可以克隆并手工构建所有内容。 要得到狄俄尼索斯2，要么克隆它的repository：
git clone https://github.com/mrzv/dionysus.git
或者作为Zip archive下载。
构建项目：
mkdir build cd build cmake .. make
要使用python绑定，请从.../build/bindings/python启动python，或者通过添加以下内容将此目录添加到PYTHONPATH变量中：
export PYTHONPATH=.../build/bindings/python:$PYTHONPATH
给你的~/.bashrc或~/.zshrc。
文档
酒神狄俄尼索斯的文献可以找到here。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
