用于衍生平台的基于python的客户端软件应用套件。

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deriva-client的Python项目详细描述


衍生客户机

pypi versionpypi wheelpython版本/a>license

派生客户端包捆绑了一个基于python的应用程序套件 用于衍生平台的客户端软件。这些工具提供如下功能：

  1. 用于编程和非基于浏览器的访问的身份验证服务。
  2. 批量导入和导出目录资产和（元数据）。
  3. 目录配置、变异和管理。
  4. 使用bdbags的工具， Deriva使用的文件容器格式。

已安装的应用程序

命令行界面（cli）应用程序 <表><广告>可执行文件名 说明 < /广告><正文>bdbag应用程序提供了多种功能，可用于处理bdbagbagit文件存档，是Deriva用于数据导出的文件打包格式。此格式是在使用bdbag选项导出数据集时由Derivate Web应用程序创建的。bdbag实用程序应用程序可以使一些与创建和维护行李相关的重复性和可编程性更强的任务变得更容易。派生acl配置 develiar acl config实用程序读取配置文件并使用它为ermrest目录（或该目录中的架构或表）设置acl。派生注释配置 deriva annotation config实用程序读取配置文件并使用它为ermrest目录（或架构或表）设置注释在目录中）。派生注释转储以json格式输出指定目录使用的当前注释集。派生注释回滚提供一个函数，用于将指定目录的整个批注层次结构回滚到由目录快照ID指定的给定时间点。派生目录配置 提供设置目录架构和表WI的函数标准基线注释和acl配置。派生目录转储提供将目录的当前配置转储为一组python命令行客户端和api derivate py rel="nofollow">derivate py脚本的函数。脚本是纯派生的py，并且有占位符变量来设置注释、acl和acl绑定。派生csv提供将csv或其他类似表格的数据上载到目录的功能，并提供创建新表格、验证输入数据和上载数据的选项。派生下载命令行deriva download cli用于编排表格式数据的批量导出（存储在ermrest目录中）和资产数据的下载（存储在hatrac或其他支持的http可访问对象存储。派生hatrac clideveliar-hatrac cli是一个命令行实用程序，用于直接与develiarhatrac对象存储交互。派生上载cli派生上载cli为目录（ermrest）和资产（hatrac）数据提供批上载功能。此应用程序通常用于自动将数据批量传输到衍生服务器。派生全局身份验证实用程序除了globus auth native app登录功能之外，派生的globus auth utils提供了许多用于处理globus auth api的实用功能。
图形用户界面（gui）应用程序 <表><广告>可执行文件名 应用程序名称说明 < /广告><正文>派生验证派生身份验证代理为一个或多个派生服务器提供凭据身份验证和刷新服务。此应用程序将在用户完成每个服务器的登录顺序后在后台运行。派生上载派生上载实用程序为目录和资产数据提供批上载功能。此应用程序是一个交互式工具，用于将数据批量传输到衍生服务器。

适用于Windows和MacOSX的安装程序包

windows和macosx的派生客户端的预打包安装程序是 可用。 这些安装程序包包括一个捆绑的python解释器和所有 其他软件依赖项，建议用于Windows和MacOSX 正在寻找更传统的"交钥匙"安装的用户 不需要他们安装python和管理python软件包 安装。

在此处下载安装程序包。

从pypi通过pip安装派生客户端

对于已经安装了python并且安装起来很舒服的用户 python软件通过pip应用程序，派生客户端很容易 与它的所有依赖项一起直接从 pypi使用基本的pip命令。

安装先决条件

  • 需要安装Python3.5.4或更高版本的系统。最新的 建议使用稳定版本的python。
  • 确认可以从 使用python3命令的命令shell。这可以简单地测试 使用以下命令：
python3 --version

安装快速启动

以下命令可用于执行基于虚拟 环境安装到当前工作目录。

Mac/Linux

以下命令假定一个bash（或兼容的）命令shell是 使用。对于不同的命令解释器（例如csh），调用source 在虚拟环境的bin目录中的相应激活脚本上的命令。

python3 -m venv ./deriva-client-venv
source ./deriva-client-venv/bin/activate
python3 -m pip install --upgrade pip setuptools wheel
pip install deriva-client
重要提示：对于使用pip版本<；9.0.3运行python 3.5.x的macosx用户

如果遇到以下错误：

Could not fetch URL https://pypi.python.org/simple/pip/: 
There was a problem confirming the ssl certificate: 
[SSL: TLSV1_ALERT_PROTOCOL_VERSION] tlsv1 alert protocol version (_ssl.c:720) - skipping

此错误意味着您无法更新pip、setuptools和wheel 通过上面提供的命令。您可以通过发出 请改为执行以下命令，然后继续执行所述的安装过程。

curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py | python3
pip install --upgrade setuptools
窗口

以下命令假定使用了windows命令提示符命令shell。对于一个 powershellshell，应该调用activate.ps1激活脚本。

python3 -m venv .\deriva-client-venv
.\deriva-client-venv\Scripts\activate
python3 -m pip install --upgrade pip setuptools wheel
pip install deriva-client
重要提示：python虚拟环境与用户环境

而a虚拟环境 安装通常是安装和隔离多个 软件包，在使用和 使用后停用。如果这个要求太麻烦， 推荐的替代方法是将软件安装到 用户环境 相反。有关详细信息，请参阅下面的完整安装过程。

安装步骤

  • 对于包含python作为 操作系统，强烈建议安装此软件 进入虚拟环境或用户环境，使其不受干扰或冲突 使用操作系统的python安装。土生土长的蟒蛇3 venv模块 virtualenv 来自pypi的包，或蟒蛇分布 环境都适合用作虚拟环境。

  • 不使用虚拟环境，还可以 将软件安装到用户环境中 在调用pip install时使用--user参数

  • 建议使用最新版本的pip、setuptools和wheel。 如果这些组件已经安装，请将其更新为最新的 可用的版本是可选的

安装顺序

  1. 创建和/或激活目标虚拟环境（如果有）。 此步骤特定于所使用的虚拟环境的类型。

  2. 更新pip，setuptools和wheel（可选）。

    1. 对于虚拟环境执行以下操作（确保 环境是活跃的： 
      python -m pip install --upgrade pip setuptools wheel
    2. 对于用户环境执行以下操作： 
      python3 -m pip install --user --upgrade pip setuptools wheel
    3. 对于Linux系统Python安装，建议使用 系统的包管理器，如dnf，apt，或更新 以下软件包：python3 pip，python3 setuptools，以及python3 wheel

  3. 直接从pypi安装派生客户端 使用pip install命令。

    1. 对于虚拟环境执行以下操作（确保 环境是活跃的： 
      pip install deriva-client
    2. 对于用户环境执行以下操作： 
      pip3 install --user deriva-client
    3. 对于系统范围内的python安装（仅当您 理解其中的复杂性）： 
      python3 --version
      0
重要提示：使用pip将软件安装到系统范围的python位置
  • 许多较新的linux（以及macosx）发行版都包含python2 和蟒蛇3并排安装。在这些环境中， python解释器和pip象征性地链接到系统 默认版本，通常会导致python和pip被 链接到python2版本。
  • python3版本通常通过python3和pip3访问。 如果您在python3虚拟环境的外部工作并安装 要么到系统范围内的python位置（不推荐），要么基于用户 位置（例如，使用pip--user参数），则必须 当发出pip安装命令时，用pip3代替pip。
  • 还要注意，当通过 pip在linux/macosx上，命令必须以根用户或sudo用户身份运行 命令必须加在命令行的前缀。

源代码

派生客户端主要组件的源代码和附加文档可以在以下链接中找到：

欢迎加入QQ群-->： 979659372 Python中文网_新手群

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许可证: BSD许可证（BSD 3条款）

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