探索深度测序数据的有用工具
deepTools的Python项目详细描述
deeptools解决了处理大量数据的难题 现在通常由DNA测序中心产生。深度工具 包含有用的模块,用于处理多个 质量检查,在标准中创建normalized coverage文件 bedGraph和bigWig文件格式,允许比较 不同的文件(例如,治疗和控制)。最后,使用 这样规范化和标准化的文件,deeptools可以创建许多 准备发布visualizations以识别丰富内容和 基因组的功能注释。
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引文:
拉米雷斯F、瑞安DP、格吕宁B、巴尔德瓦五世、基尔珀特F、里克特AS、海恩 S,Dündar F,曼克T.deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis. 核酸研究。2016年4月13日:GKW257。